R语言统计计算实战

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"Statistical Computing with R" 是一本专注于实践应用而非理论的教程,它通过R语言介绍了统计计算的概念,并以解决实际计算问题为例进行讲解。书中涵盖了蒙特卡洛方法、聚类分析、bootstrap抽样、非参数回归、密度估计和拟合优度检验等主题。此外,书中包含大量练习题供学生学习,同时提供教师用解决方案手册。 在统计计算领域,R语言已经成为一个广泛使用的工具,因为它提供了丰富的统计函数和图形化界面,以及强大的数据处理和编程能力。"Statistical Computing with R"这本书正是针对这些需求,引导读者了解如何在R环境中实现统计计算。首先,书中的章节会回顾概率论和经典统计推断的基本概念,为后续的算法实现打下基础。 蒙特卡洛方法是一种基于随机抽样的计算技术,用于解决复杂问题,特别是在模拟和优化方面。在书中,作者会展示如何使用R语言来实施这些方法,帮助读者理解其工作原理和应用范围。 聚类分析是数据挖掘中的一个重要组成部分,它涉及将数据集中的观测值分组到不同的类别或簇中。通过R语言,读者可以学习如何编写代码来执行不同的聚类算法,如K-means、层次聚类等。 Bootstrap抽样是一种统计方法,用于估计统计量的分布和不确定性,尤其适用于小样本或复杂分布的情况。在R中,有现成的函数可以实现bootstrap抽样,但理解其背后的原理和自定义实现同样重要。 非参数回归是指不依赖于特定概率分布假设的回归分析。在本书中,读者将学习如何使用R来实现非参数方法,如核平滑、局部线性回归等,这些方法对处理非线性和异质性数据特别有用。 密度估计是另一种统计技术,用于估计数据分布的形状。R提供了多种密度估计方法,如高斯核密度估计,书中的例子将帮助读者掌握这些技术。 拟合优度检验是用来评估模型对数据的拟合程度的一种统计检验。在R中,有各种函数可以执行不同类型的拟合优度检验,如卡方检验、Anderson-Darling检验等,这些在书中都有详尽的示例。 "Statistical Computing with R"是一本面向实践者的教材,通过深入浅出的例子和练习,使读者能够掌握R语言在统计计算中的应用,从而在数据分析和统计建模方面提升技能。对于想在统计计算领域深化理解和实践的读者来说,这是一本不可多得的资源。

R R version 4.2.2 (2022-10-31) -- "Innocent and Trusting" Copyright (C) 2022 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. Natural language support but running in an English locale R is a collaborative project with many contributors.Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. library(ape) setwd("/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/rooted_species_tree") species_tree <- read.tree("species_tree.treefile")> compare_trees <- function(gene_tree_file, species_tree) { gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) diff_count <- comparePhylo(gene_tree, species_tree, force.rooted = TRUE) return(diff_count) } batch_compare_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree) { gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE) diff_counts <- data.frame(Gene_Tree_File = gene_tree_files, Diff_Count = numeric(length(gene_tree_files)), stringsAsFactors = FALSE) for (i in seq_along(gene_tree_files)) { gene_tree_file <- gene_tree_files[i] diff_counts$Diff_Count[i] <- compare_trees(gene_tree_file, species_tree) } return(diff_counts) } gene_tree_folder <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/rooted_gene_tree" diff_counts <- batch_compare_trees(gene_tree_folder, species_tree) Error in if (n1 == n2) paste("Both trees have the same number of tips:", : the condition has length > 1

2023-07-15 上传