PDB文件格式详解：生物大分子三维结构档案

"PDB后缀文件格式是用于存储生物大分子如蛋白质、核酸和氨基酸三维结构的重要格式，由蛋白质数据库(PDB)维护。这种格式包含原子坐标、晶体学信息、NMR数据以及有关分子结构的详细元数据，服务于科研、教育领域。PDB文件仅使用非控制ASCII字符，避免特殊字符，而希腊字母则以英文拼写表示。文件中的等号、逗号、冒号和分号有特定用途，需注意转义规则。" PDB文件格式详解： PDB（Protein Data Bank）文件格式是国际通用的标准格式，用于存储通过实验方法（如X射线晶体学、核磁共振和电子显微镜）获得的生物大分子的三维结构信息。这种格式被广泛应用于生物学、药物研发和计算化学等领域，便于研究人员分析和比较不同分子的结构。 1. 文件内容： - 原子坐标：详细记录每个原子的位置，包括原子名称、元素符号、坐标值（x, y, z）以及相关属性，如原子的温度因子（表示运动性）和电荷。 - 结构因素：在晶体学研究中，记录了晶体衍射数据，用于推断原子坐标。 - NMR数据：包含核磁共振谱的参数，用于确定溶液中分子的动态结构。 - 其他信息：分子名称、主次结构（如α螺旋、β折叠）、序列数据库参考、配体信息（如与蛋白质结合的小分子）、生物组装（如蛋白质复合物的结构）以及结构解析和数据收集的详细步骤。 2. 字符集与编码： PDB文件使用非控制ASCII字符，包括字母、数字和特定标点符号。希腊字母用英文拼写表示（如alpha, beta, gamma）。行尾可以是回车换行或单独的换行符，具体取决于操作系统。特别字符如着重号（DOT）和箭头（->, <-）有特定含义。 3. 分隔符与转义： - 等号“=”通常用于表示数学等式，周围应有空格包围。 - 逗号、冒号和分号用于分隔列表项，但在特定上下文中，如在记录类型如COMPND中，它们有特殊用途，若作为普通字符使用需进行转义，前加反斜杠“\”。 4. 记录类型： PDB文件由不同类型的记录组成，如ATOM（原子坐标）、HETATM（非标准残基的原子坐标）、HEADER（文件头部信息）、CONECT（原子间连接性）、COMPND（化合物信息）等。每条记录以特定的四个字母标识，随后是记录的具体内容。 例如，COMPND记录用于描述分子信息，包括分子名称、链信息、同义词、酶代码（EC号）以及是否为工程改造蛋白。在给出的示例中，可以看到多个COMPND记录，每个记录用分号分隔，表示不同的分子或亚单位信息。 总结，PDB文件格式是生物大分子结构研究的核心，它以简洁的方式存储丰富的结构信息，便于科学家们理解和利用这些结构进行进一步的研究。了解并熟练掌握PDB格式对于解析、分析和利用生物分子结构至关重要。