Ruby版生物多样性科学名称解析器:nameparser的R语言端口
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更新于2024-11-06
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知识点:
1. Ruby gem biodiversity:Ruby gem biodiversity是一个Ruby语言的开源包,用于处理生物多样性相关的数据。它提供了一系列的工具,可以用来处理生物分类、物种识别等任务。nameparser是其中的一个组件,用于解析生物的科学名称。
2. R语言:R语言是一种用于统计计算和图形表示的编程语言,广泛应用于数据挖掘、机器学习等领域。在生物信息学中,R语言也得到了广泛的应用,例如用于基因组数据分析、生物统计学等。
3. nameparser库: nameparser是一个用于解析生物科学名称的库。它可以将生物的科学名称解析为结构化的数据,例如将"QUERCUS (QUERCUS) ALBA"解析为"Quercus (Quercus) alba"。这对于处理生物多样性数据、进行生物分类等任务非常有用。
4. Ruby端口和R端口:端口(port)是指将一个软件或服务从一个编程语言转换为另一个编程语言的过程。在这个案例中,nameparser原本是Ruby语言编写的,现在被转换为R语言版本,使得R语言的用户也可以使用这个工具。
5. devtools::install_github函数:这是R语言的一个函数,用于从GitHub上安装R包。在这个案例中,可以通过"devtools::install_github('sckott/nameparser')"命令安装nameparser的R端口。
6. ScientificNameParser.fix_case函数:这是nameparser库的一个函数,用于将生物科学名称中的大写进行固定。例如,可以将" QUERCUS (QUERCUS) ALBA "转换为"Quercus (Quercus) alba"。
7. parse函数:这是nameparser库的一个函数,用于将生物科学名称解析为ruby哈希格式。例如,可以将" Plantago major "解析为一个ruby哈希。
8. to_json函数:这是nameparser库的一个函数,用于将解析后的ruby哈希转换为json格式。例如,可以将" Plantago "解析后的数据转换为json格式。
9. all_json函数:这是nameparser库的一个函数,用于获取所有解析后的数据的json表示。
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2021-06-11 上传
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