LSF作业提交与管理教程：OpenMPI与资源调度

本资源主要介绍了在超算入门背景下，如何利用LSF（Load Sharing Facility）进行作业的提交和管理。LSF是一种广泛使用的作业调度系统，适用于大规模并行计算环境。以下是关键知识点的详细解释： 1. **作业提交命令**： - `bsub`是LSF的核心命令，用于在LSF中提交作业。例如，`bsub -W 360 -n 32 -q QN_Norm -a openmpi mpirun.lsf ./blast.sh`命令中，`-W 360`指定了作业运行时间限制为360分钟，`-n 32`表示需要32个CPU核心，`-a openmpi`表明使用OpenMPI并行计算框架，`mpirun.lsf`是针对OpenMPI作业的特定选项，`-q QN_Norm`则指定了作业将被提交到QN_Norm队列。 2. **参数理解**： - `-W 360`中的`W`代表walltime（ wall clock time），即总运行时间，不包含I/O等待时间。 - `-n 32`中的`n`代表numprocs，即请求的处理器数量。 - `output.%J`是一个隐藏参数，它会生成一个包含作业日志和错误输出的文件，其中`.%J`是LSF自动填充的作业ID。 3. **平台LSF环境设置**： - 设置LSF环境变量如`LSF_SERVERDIR`、`LSF_BINDIR`等，这些路径用于配置LSF的安装目录和可执行文件的位置。 - `%loginas`用于指定登录用户，`keyboard-interactive`表示通过交互式键盘输入密码。 4. **作业类型示例**： - Gauss作业：`bsub -W 60 -n 16 -q QN_Norm g03.lsf test397.com`，其中`g03.lsf`是Gauss运行的关键字，作业最长运行60分钟，需要16个CPU。 - Dock作业：`bsub -W 12:00 -a openmpi -n 4 mpirun.lsf /public/software/dock6-openmpi/bin/dock6.mpi-itest.in -o test.out`，使用OpenMPI，并且在默认队列QS_Norm上运行。 5. **注意事项**： - 对于高级用户权限，仅管理员可以使用`btop`和`bbot`命令。 - 大规模搜索时避免在LSF主节点上使用`bhist`，因为它可能会占用大量内存和CPU资源。 - `bswitch`命令可以用来重定向大量作业到其他队列，这对于资源管理和调度至关重要。 这是一份关于如何在LSF环境中提交作业、管理资源以及理解和使用不同类型的作业提交参数的重要指南，适合对超算和LSF系统有深入了解的人士学习和参考。