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v2.0服务器(http://www.ddg-pharmfac.net/vaxijen/VaxiJen/VaxiJen.
html)保持阈值0.4以解决预测的准确性。使用在线服务器AllerTOP
v.2.0(https://www.ddg-pharmfac.net/AllerTOP/)生成过敏原性。
AllerTOP是一种独立于仪器的在线工具,用于变应原性预测,生成精
确的结果[71]。此外,对毒性的预测是一致的。
蛋白酶体的切割位点用于增强表位呈递并增强蛋白质稳定性[82,
83]。被称为甘氨酸-脯氨酸接头的AAY和GPGPG阻止连接表位[84,
85]。KK或双赖氨酸接头促进疫苗构建体的免疫原性活性。TLR 4激
动剂50 S核糖体蛋白L7/L12被包括作为有效佐剂以增强免疫原性。
涵道 使用 至XinPred(http://crdd.osdd.net/raghava/toX inpred/)
利用具有默认参数的基于SVM(支持向量方法)的方法[72]。
2.5.
表位的同源性预测及细胞因子诱导能力分析
通过使用蛋白质BLAST(BLASTp
)
工具
(
https://blast.ncbi)进行表
位与智人的同源性预测。 nlm.nih.gov/Blast.cgi),其中超过0.05的E值
被认为是非同源表位。此外,仅预测了MHC II类表位的细胞因子诱导能
力 , 因 为 它 们 诱 导 细 胞 因 子 释 放 。 使 用 在 线 工 具 IFNepitope
(http://crdd.osdd.net/raghava/ifnepitope/design.php)鉴定 MHC II类
表 位 的 IFN-γ 诱 导 [73] 。 类 似 地 , 使 用 IL 4pred 工 具 ( http :
crdd.osdd.net/raghava/il4pred/index.php)预测IL-4诱导能力[74]。
2.6.
人口覆盖率分析
疫苗分子必须共享针对不同群体的广谱保护以积累最大效率。此
外,HLA等位基因是高度多态性的,这意味着它们的分布规范在全球不
同的地理区域和种族群体之间存在差异。因此,T细胞表位和它们各自
的HLA结合抗原-
通过EAAAK接头,其增强疫苗构建体的免疫原性[86]。
2.9.
预测配制疫苗
通 过 VaxiJen v2.0 工 具 ( http://www.ddg-
pharmfac.net/vaxijen/VaxiJen/VaxiJen.html)分析最终候选疫苗的抗
原性,预测阈值保持在0.4。使用AllerTOP v.2.0服务器预测非过敏行
为。(https://www.ddg-pharmfac.net/AllerTOP/)中找到。随后,
ProtParam服务器(https://web.expasy.org/protparam/)用于构建
的疫苗的各种物理化学特征,例如分子量、理论pI、EX t。系数(单
位:M1 cm-1)、 不稳定性指数、脂肪族 指数、 亲 水性总平均值
(GRAVY)。
2.10.
候选疫苗的二级和三级结构预测
使 用 PSIPRED v4.0 ( 基 于 PSI-blast 的 二 级 结 构 预 测 ) 服 务 器
(http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/)[87]和
SIMPA 96 二 级 结 构 预 测 方 法 ( https : //npsa-prabi. ibcp.fr/cgi-
bin/npsa_automat.pl? page =/NPSA/npsa_simpa96.html)
测量覆盖工具(http://tools.iedb.org/population/)[75]。
2.7.
肽建模和分子对接
经过不同的生物信息学研究,仅选择优势表位用于肽和HLA相互作用
模式分析。所选T细胞表位的三维(3D)结构利用肽结构预测服务器
PEP-F0 LD 3 ( https://mobyle.rpbs.univ-paris-diderot.fr/cgi-bin/portal.
py#forms::PEP-FOLD3)[76].通过分析表位HLA结合等位基因,选择
HLA-A*01 : 01 ( PDB ID : 4 NQV ) 和 HLA-A*02 : 01 ( PDB ID : 3
MGO ) 作 为 MHC I 类 表 位 , 而 考 虑HLA-DRB 1 *01: 01 ( PDB ID :
1AQD ) 作 为 MHC II 类 表 位 。 从 蛋 白 质 数 据 库 ( PDB )
(https://www.rcsb.org/)检索三种结合HLA等位基因的晶体结构。
[77]并使用PyMOL进行处理[78]。最后,使用在线PatchDock服务器
(https://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/php.php) 进行表位与 其
各自HLA结合等位基因的分子PatchDock使用特定的对接算法来检测
其中一个分子的转化以及它们之间的相互作用,而不会引起空间冲
突,其中服务器基于RMSD分数来辨别最佳匹配[79]。通过FireDock
服务器(http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/FireDock/)进行细化和重新评
分[80] 。使 用 BIO-VIA Discovery Studio 2019可 视化 对接 相互 作 用
[81]。
2.8.
最终疫苗构建体
一个合理的基于表位的疫苗针对西尼罗河病毒构建。包括T细胞表
位、B细胞表位和合适的佐剂,并通过不同的柔性接头连接在一起用于
疫苗构建。AAY、GPGPG和KK接头用于缀合表位。所用的接头证实了单
个表位的分离。AAY(Ala-Ala-Tyr)接头,其是一种
回收β-折叠、无规卷曲,并分析候选疫苗的结构质量 。疫苗的三维
( 3D ) 模 型 使 用 GalaxyWEB 服 务 器 ( http :
//galaxy.org/2014/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/
04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/0
4/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/
04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/04/0
4 seoklab.org/)上提供。GalaxyWEB是一个通过基于模板的建模进行三
级结构预测和细化的Web服务器[89]。
2.11.
疫苗三级结构优化和验证
三级结构优化是疫苗设计的关键步骤,是疫苗质量改进的过程使
用GalaxyRefine(www.example.com)对检索到的疫苗的3D结构进行
细化http://galaxy.seoklab。org/refine)基于Web的服务器。该服务
器通过基于CASP10的细化技术[90]提供了一个强大的和使用BIOVIA
Discovery Studio 2019 [81]可视化精细结构。此外,使用RAMPAGE
( http://mordred.bioc. cam.ac.uk/~rapper/rampage2.php ) 服务 器
来分析其整体质量[91]。
2.12.
疫苗蛋白二硫键工程
蛋白质中的二硫键在单个链的两个半胱氨酸残基之间形成因此,
蛋 白 质 二 硫 化 物 工 程 化 在 设 计 2 ( DbD2 ) 服 务 器
(www.example.com)的 http://cptweb.cpt.wayne。 edu/DbD 2/)
来预测二硫键及其在疫苗蛋白中的相应位置[92]。
2.13.
疫苗与受体的
蛋白质-蛋白质对接是一种广泛应用的计算机模拟方法,旨在评估受
体-配体复合物的构象和相互作用模式。TLR-4的PDB文件(PDB ID:4G
8A)从RCSB蛋白质数据库(PDB)(https://www.rcsb.org/)检索,