VMD教程：atomselect命令与分子图形表示

"这篇教程详细介绍了VMD中的atomselect命令，以及如何利用它来编辑原子属性，特别是结合TCP/IP协议的使用。VMD是一个强大的分子可视化软件，特别适合于晶体分子的分析。教程中提到了如何通过Graphics —— Representations菜单设置分子的图形表示，以显示晶体分子的蛋白质部分，并使用不同的颜色和绘制方法来突出特定的原子属性。 在VMD中，atomselect命令是一个核心功能，用于创建新的原子选择。它的基本语法是`atomselect molid selection`，其中`molid`是分子ID，`selection`是具体的原子选择表达式。例如，在描述中提到的例子中，选择了名为"crystal"的分子，并通过输入`protein`来选取所有蛋白质原子。同时，教程中还提到了Coloring Method（着色方法）的Beta选项，可以根据PDB文件中的B因子（通常表示温度因子）来给原子上色，而Drawing Method（绘制方法）的VDW选项则用于显示原子的范德华斯球。 在晶体结构分析中，B因子可以用来反映原子的运动性或不确定性，但在本教程中，它被用作存储自定义数值的手段。通过改变原子的B因子，可以控制原子的颜色，这对于展示计算得出的系统属性非常有用。然而，这种方法仅限于VMD内部，无法直接应用于其他软件。 此外，教程还涵盖了VMD的基础和高级使用，包括脚本编写，这对于扩展VMD的功能和自动化工作流程至关重要。教程以小蛋白质泛素为例，介绍了VMD在蛋白质结构研究中的实际应用。泛素是一个在所有真核生物中广泛存在的保守蛋白质，参与蛋白质降解过程。 为了使用这个教程，用户需要安装VMD软件，以及可能的图形查看程序，如xmgrace、Excel或Mathematica，取决于他们的操作系统。教程鼓励用户尝试脚本部分，以充分利用VMD的强大功能。" 这个教程详细且深入，不仅提供了操作步骤，还解释了背后的原理，对于新手和经验丰富的VMD用户来说都是宝贵的参考资料。