VectorNTI9.0使用手册：从入门到精通

"该资源主要提供了关于Vector NTI 9.0的使用教程，涵盖了软件的基础操作，包括显示DNA和蛋白质序列、分子操作、图形表示以及BLAST搜索和查看功能。" Vector NTI是一款强大的生物信息学软件，尤其适用于DNA序列分析和管理。以下是基于提供的内容对各章节的详细说明： **前言（INTRODUCTION）** 通常，前言部分会介绍Vector NTI的基本功能、目的以及使用该软件能带来的益处。它可能会强调软件的易用性、灵活性和在生物研究中的重要性。 **第一章 DISPLAY WINDOWS** 这一章主要讲解如何在Vector NTI中显示DNA序列和图形。用户可以了解如何： 1. **显示DNA序列**：可能包括序列的基本信息，如碱基组成、长度等，以及如何查看序列的线性和环状视图。 2. **显示蛋白质序列**：除了基础的氨基酸序列外，还可能涉及编码蛋白质的ORFs(开放阅读框)的识别和显示。 3. **图形显示**：可能涵盖如何以图形化方式表示序列，如物理图谱，其中包含限制酶切位点、基因和其它功能元件。 **第二章 MOLECULE OPERATIONS** 本章深入探讨了分子操作，主要包括： 1. **编辑序列信息**：如修改PBR322这类常用载体的属性。 2. **插入新序列片段**：介绍如何将新的DNA片段插入现有序列中。 3. **编辑TC(R)图示**：TC(R)可能指的是限制性酶切位点，这部分可能讲解如何添加或修改这些位点的标记。 4. **删除和添加序列特征**：说明如何移除旧的标记（如P2_P）并添加新的特征标识。 5. **修改起始坐标**：介绍如何调整序列的参考起点，这对于序列定位和分析至关重要。 **第三章 GRAPHICAL REPRESENTATION** 这一章专注于图形表示的设置和调整，用户可以学习： 1. **创建展示窗口**：如何为特定分子如PBR322创建一个新的图形界面。 2. **自动排列设置**：如何改变序列元素的自动布局，以便更好地可视化复杂序列。 3. **编码区信号设置**：可能涉及显示CDS(Coding DNA Sequence)的标志，使用户能够追踪编码蛋白质的区域。 4. **图片编辑**：如何调整图形的细节，比如颜色、大小和比例。 5. **修改TC(R)图形**：可能涉及到编辑限制酶切图谱，使其更符合实际实验结果。 6. **添加注释**：如何在图形上添加文字注释，以记录关键信息。 7. **保存显示结果**：介绍如何将当前的图形布局保存为文档，以便后续查阅或分享。 **第四章 BLAST SEARCH AND BLAST VIEWER** 这一章涉及BLAST(基本局部比对搜索工具)的使用，这是生物信息学中查找序列相似性的标准方法： 1. **简介**：简要介绍BLAST的工作原理和在Vector NTI中的应用。 2. **BLAST搜索窗口**：描述如何输入查询序列，选择数据库，以及设置搜索参数。 3. **BLAST搜索结果**：解释如何解读搜索结果，包括E值、身份百分比和匹配片段。 4. **保存BLAST搜索结果**：指导用户如何保存和管理搜索结果，以便进一步分析。 这份资源为Vector NTI 9.0的新用户提供了全面的操作指南，涵盖了从基本的序列查看到高级的序列分析功能。用户通过学习可以提升在生物信息学领域的分析能力，更好地进行基因组和转录组的研究。