AUTODOCK4.0中文教程：分子对接与蛋白模拟

"autodock中文教程 - 分子对接模拟软件使用指南，专注于蛋白模拟与小分子对接预测" 本文将详细介绍AUTODOCK4.0，一个用于分子对接模拟的软件，由国立东华大学生物技术研究所宣大卫教授实验室制作。AUTODOCK的主要功能是预测小分子与大分子（受体）之间的结合，对于药物设计和蛋白质功能研究具有重要意义。本文将通过中文版的界面指导用户如何操作AUTODOCK4.0。 1. **启动与分子准备** - 使用`File->ReadMolecule`来选择要进行模拟的分子。 - `Select->SelectFromString`用于标记水分子，并使用`Add`添加。 - `Edit->Delete->DeleteAtomSet->Continue`移除水分子，以便专注于目标分子。 - `Edit->Hydrogen->Add->OK`为分子添加氢原子，确保模型的完整性和准确性。 - `File->Save->WritePDB`保存分子结构为PDB格式。 - `Display->Show/HideMolecule`可隐藏或显示分子，便于后续操作。 2. **配体（Ligand）设置** - `Ligand->input->open`选择配体的PDB文件。 - `Ligand->Output->SaveAspdbqt`将配体保存为pdbqt格式，这是AUTODOCK所需的工作格式。 3. **灵活残基（FlexibleResidues）** - 对于文献中未提及的关键氨基酸，可以直接跳过设置，使用`File->Save->WritePDBQT`保存。 - 文献中有提及的关键氨基酸，需要进行以下步骤： - `FlexibleResidues->Input->ChooseMacromolecule`选择大分子。 - `Edit->Hydrogens->MergeNon-Polar->CONTINUE`合并非极性氢。 - `Select->SelectFromString`输入关键氨基酸（如ARG8），然后使用`Add`。 - `FlexibleResidues->ChooseTorsionsinCurrentlySelectedResidues…`选择旋转自由度。 - `FlexibleResidues->Output->SaveRigidpdbqt`保存刚性部分的pdbqt文件。 4. **格点（Grid）设定** - `Grid->macromolecule->(档名.pdbqt)`选择蛋白质结构文件。 - `Grid->SetMapType->(档名.pdbqt)`设定格点类型，通常基于配体。 - `Grid->GridBox`调整格点参数，包括尺寸、间距等，以覆盖可能的结合位点。 - `File(GridOptions)`进一步调整格点参数并保存设置。 在进行模拟前，还需要对参数进行微调，例如搜索空间大小、能量函数、算法类型（如 Lamarckian Genetic Algorithm 或 Adaptive Metropolis）以及模拟次数。模拟完成后，分析结果，查看小分子与大分子的最优结合模式、结合能和构象变化。 通过这个中文教程，用户可以逐步了解并掌握AUTODOCK4.0的使用方法，进行有效的分子对接模拟，这对于理解药物与受体的相互作用、预测活性以及优化药物设计具有重要价值。用户在使用过程中遇到问题，可以联系版面作者林世浤获取帮助。