argo-navis：基于BEAST的系统发育特征分析Galaxy工具

资源摘要信息:"argo-navis是一个基于Galaxy平台的工具集，专为使用BEAST进行贝叶斯离散系统发育特征分析而设计。BEAST是一个用于估计分子进化树和系统发育关系的程序，它运用贝叶斯推断来分析时间离散的遗传数据。argo-navis工具集允许用户通过采样和信息提取的方式，从给定的遗传数据中进行系统发育分析。 argo-navis工具集在开发人员或生产环境中运行前，需要安装一系列的依赖项。其中最重要的依赖是BEAST2和BEAST_CLASSIC包。BEAST2是BEAST软件的最新版本，它支持更高级的分析和更多种类的模型。BEAST_CLASSIC可能是BEAST早期版本的包，它可能包含了特定的功能或算法。 为了完整地安装argo-navis工具集，除了BEAST2和BEAST_CLASSIC包之外，还需要安装多种软件和库。这些依赖项包括但不限于R编程语言及其相关的库（RColorBrewer和ggplot2），以及Python语言及其一系列专用库（包括alakazam、biopython、pandas、numpy、csvkit、svg_stack.py和inkst）。这些库和工具对于处理遗传数据、统计分析和图形可视化都至关重要。 除了上述提及的库和工具外，argo-navis工具集还需要Java环境、Inkscape图形编辑器和R环境来支持其所有功能。Java是BEAST程序的核心运行环境，Inkscape用于图形编辑，而R则用于统计计算和图形绘制。因此，用户必须确保这些软件都已正确安装。 此外，argo-navis工具集提供了一个安装脚本env/envbootstrap.sh，该脚本用于设置一个包含所有依赖项的virtualenv环境。virtualenv是一个Python虚拟环境的创建工具，它允许用户在同一台机器上运行多个版本的Python环境，以便于管理和隔离依赖项。 在开发模式下运行argo-navis工具集，用户需要先克隆Galaxy存储库，通过执行git clone操作，然后可能需要按照开发指南进行一系列配置，以便于进行源代码的开发和测试。 argo-navis工具集的标签是Python，这表明Python是argo-navis开发和运行的主要语言。Python以其简洁易读的语法、强大的数据处理能力和丰富的第三方库而闻名，它在生物信息学和遗传数据分析领域中尤为流行。 最后，压缩包子文件的文件名称列表显示为argo-navis-master，这可能表示用户可以从这个文件名找到argo-navis工具集的源代码，或了解该工具集的最新开发状态和功能。在master分支中，用户可以预期找到包含所有依赖项的配置以及可能的更新和修复。"