wSterimol:Python实现的Boltzmann加权立体参数计算器
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更新于2024-11-21
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资源摘要信息:"DFT的matlab源代码-wSterimol:生成Boltzmann加权的立体异构体立体参数用于构形灵活的取代基"
知识点:
1. DFT (密度泛函理论): DFT是量子化学中的一种方法,用于研究分子和固体的电子结构。它是一种基于电子密度而不是波函数的方法,这使得它在计算上更为高效,尤其适用于大分子系统。
2. Matlab: Matlab是一种高性能的数值计算环境和第四代编程语言。由MathWorks公司开发,它广泛应用于工程计算、数据分析、算法开发等多个领域。
3. wSterimol程序: wSterimol是一种用于计算分子中构形灵活取代基的立体参数的工具。它能够生成并优化构象集合,并基于Boltzmann分布计算加权的Sterimol参数,这对于理解分子结构与活性之间的关系非常关键。
4. Boltzmann加权: Boltzmann加权是根据Boltzmann分布对一组数据进行加权的方法。在化学中,这通常意味着根据能量差异对构象进行加权,其中低能量构象比高能量构象有更大的权重。
5. Sterimol参数: Sterimol参数是一组用于描述分子取代基立体障碍的几何参数,主要用于量化取代基的大小和形状。这些参数有助于预测分子的立体化学效应和反应性。
6. 构形灵活取代基: 这指的是那些可以自由旋转并取不同空间构象的分子取代基。对这类取代基的研究需要考虑到其构象的多样性和动态变化。
7. Python编程语言: Python是一种广泛用于科学计算的高级编程语言,它拥有强大的库支持,例如NumPy、SciPy和matplotlib等,这些库使得Python在数据分析、数值计算和可视化的应用上变得非常强大。
8. 物理有机化学: 物理有机化学是化学的一个分支,它使用物理的方法和概念来理解和解释有机化学中的结构、反应和机理。
9. 插件开发: 插件是一种软件组件,它能够增加或扩展一个应用程序的功能。在Matlab中,插件允许用户添加新的功能模块,以适应特定的需求或扩展程序的应用范围。
10. 牛津大学和科罗拉多州立大学: 这两所大学在本资源中被提及,表明wSterimol程序的开发过程中可能有来自这两所学术机构的研究人员参与。
11. 开源系统: 开源系统指的是其源代码对公众开放的软件系统,任何人都可以访问、修改和分发这些代码。开源软件通常通过许可证来规范其使用,比如GNU通用公共许可证(GPL)。
12. GitHub仓库: GitHub是一个基于Git的代码托管平台,它允许开发者存储和管理代码,同时也支持协作和版本控制。资源中提到的“wSterimol-master”可能是一个GitHub仓库的名称,表明wSterimol项目代码可能托管在这个仓库中。
通过对以上知识点的深入理解,可以更好地把握本资源提供的内容和价值,同时也有助于在实际科研和工程实践中应用相关技术和工具。
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