R脚本使用Cytoscape进行RESTful API交互示例

资源摘要信息: "本文档介绍了一个基于RESTful API模块使用Cytoscape的示例R脚本。Cytoscape是一个开源的网络分析和可视化软件平台，主要用于生物网络的构建和分析。RESTful API模块，即cyREST，是Cytoscape的一个扩展插件，它允许用户通过RESTful API与Cytoscape应用程序进行交互。这种交互可以通过R语言实现，R是一种广泛用于统计分析和图形表示的编程语言。 文档中提到的是一个R工作流的集合，这个集合展示了如何通过R语言利用Cytoscape的功能，尤其是在可视化和分析酵母PPI（蛋白质-蛋白质相互作用）网络方面。PPI是指蛋白质在细胞内相互作用形成复杂网络的过程，对于理解生物过程和疾病机制具有重要意义。 文档提到了支持的平台包括Mac OS X（测试版本为优胜美地）、Windows（测试版本为8.1 64位）以及Linux（测试版本为Ubuntu 14.0.4）。此外，还指出了需要的R软件包版本为3.2.0或更高版本，且推荐使用RStudio来渲染和执行相关的R脚本。 在文档的描述中，提供了关于如何安装和使用cyREST模块的快速入门指南。首先，建议用户不要从应用程序菜单安装cyREST模块，因为这可能会导致安装旧版本的问题。正确的方法是通过Cytoscape的网页浏览器访问并点击安装按钮来直接从页面安装应用程序。 文档还建议用户克隆或下载该仓库，并在RStudio中打开相关目录，运行rmarkdown中的小教程以熟悉工作流程。rmarkdown是一种标记语言，用于将R代码与文本文档相结合，生成格式化的输出，如HTML或PDF文件。 最后，文档提到的文件名称“cy-rest-R-develop”可能是指一个压缩文件包，其中包含了示例R脚本的开发版本。这个压缩包可能是为了方便用户下载和使用示例代码而提供的资源。通过这种方式，用户可以轻松地在本地环境中设置工作流，进行数据的导入、处理和可视化，最终构建自己的PPI网络分析项目。"