Gaussian09计算中的原子类型与索引值详细解析

"该文档是Gaussian 09用户参考手册的一部分，主要讲解了如何设置和运行Gaussian计算，包括输入语法、模型化学、基组选择、分子说明、任务类型和运行选项等。" 在Gaussian 09计算中，理解和使用正确的参数是至关重要的。标题提到的"对原子类型MM36使用索引值3-pci9056详细芯片手册"，这可能是指在特定的计算中，针对原子类型MM36，程序会使用索引值3的特定设置，如范德华相互作用的调整因子。描述中提到了`VDWShf1`和`VDWShf2`函数，这两个函数用于设置范德华相互作用的换算因子。`VDWShf1`定义了不同原子类型使用哪些索引值，例如对MM5和MM36原子类型使用2和3作为索引。`VDWShf2`则是一个下三角矩阵，用于设定原子间距的换算因子，例如(1,2)和(1,3)设置为0.915，其余元素使用默认值。 在分子动力学模拟或量子化学计算中，这些参数可以影响分子间的相互作用，特别是非键相互作用，如范德华力。通过调整这些系数，可以精细地调整计算结果，以更准确地模拟真实系统的性质。例如，当一个原子是MM5（氢）或MM36（氘）时，与其他不同类型的原子交互时，会使用特定的换算因子，而同类型的原子之间则使用默认设置。 标签"GAUSSIAN 09 USER'S REFERENCE"表明这是Gaussian 09用户指南的一部分，Gaussian 09是一个广泛使用的量子化学和分子动力学软件。这部分内容还提到了`UseTable`和`StepDown`的概念，它们是Gaussian中的步进表机制，允许更灵活地定义势函数和参数，特别是在处理通用参数和默认值时。 在给出的示例中，`UseTable`和`StepDown`与`UFFBnd2`和`UFFBnd3`一起工作，定义了不同的原子类型和键的参数。`StepDown`规则指定特定函数如何根据原子类型匹配和应用相应的参数。这种机制使得参数设置更加高效，避免了为每一对原子类型重复定义参数。 Gaussian 09提供了高度自定义的能力，通过设置如`VDWShf`和步进表机制，用户可以精确地控制计算过程，适应各种复杂的化学系统。理解和正确应用这些参数对于获得准确的计算结果至关重要。