TCGA肿瘤样本DNA及RNA数据集下载指南
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更新于2024-10-29
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资源摘要信息:"本资源包名为 'dna-metastatic.zip',是一个涵盖了TCGA数据库中33种不同肿瘤类型的癌症转移与原发性样本的综合数据集。TCGA(The Cancer Genome Atlas)是美国国家癌症研究所(NCI)与基因组测序中心(NHGRI)合作发起的项目,旨在构建一个庞大的癌症基因组图谱数据库,为研究癌症生物标志物及治疗靶点提供支持。数据集包括了癌症样本的DNA、miRNA和RNA三种生物分子的信息,涉及转移性(metastatic)和原发性(primary)样本。通过这些数据,研究人员可以深入分析癌症的发展过程、寻找与癌症转移相关的分子变化,以及探索潜在的治疗途径。
在本压缩包中,具体包含以下六个文件,每个文件都经过了一定程度的筛选过滤,以确保数据质量:
1. rna_primary_filter.csv:此文件包含的是原发性肿瘤样本的RNA表达数据。RNA(核糖核酸)是生命的基本组成成分之一,它在基因表达中起着关键作用。通过分析RNA表达模式,可以了解癌症细胞的活动状态以及哪些基因在癌症发生发展中可能起到关键作用。
2. mirna_primary_filter.csv:此文件包含的是原发性肿瘤样本的miRNA表达数据。miRNA(微小RNA)是一类长度较短的非编码RNA分子,通过调控mRNA的降解或抑制其翻译,从而调控基因的表达。miRNA在癌症发展过程中可能扮演着肿瘤抑制因子或致癌因子的角色。
3. dna_primary_filter.csv:此文件包含的是原发性肿瘤样本的DNA变异数据。DNA(脱氧核糖核酸)是携带遗传信息的分子,其变异(如突变、拷贝数变异等)是癌症发生的分子基础。通过研究原发性肿瘤样本的DNA变异,可以揭示癌症的遗传易感性及关键的致癌基因。
4. rna_metastatic.csv:此文件包含的是转移性肿瘤样本的RNA表达数据。与原发性样本相比,转移性样本的RNA表达模式可能发生变化,反映出癌症细胞在适应新的微环境或克服宿主防御机制时的基因调控机制。
5. mirna_metastatic.csv:此文件包含的是转移性肿瘤样本的miRNA表达数据。转移性样本的miRNA表达分析有助于理解miRNA在癌症转移过程中的角色以及它们如何影响肿瘤的侵袭性和转移能力。
6. dna_metastatic.csv:此文件包含的是转移性肿瘤样本的DNA变异数据。转移性样本的DNA变异分析对于揭示在癌症转移过程中活跃的基因和通路,以及为针对转移性癌症的治疗策略提供分子级别的见解至关重要。
对于生物信息学家、分子生物学家、临床研究人员和数据分析师来说,这个数据集提供了一个宝贵的研究资源。通过对这些数据的深入分析,可以增进对癌症分子机制的理解,推动癌症诊断、预后评估和精准治疗的发展。"
2021-05-19 上传
2020-02-12 上传
2020-01-05 上传
2023-04-01 上传
2021-09-23 上传
2021-02-22 上传
2024-11-04 上传
2024-11-04 上传
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