Windows环境下安装GMT软件指南

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"GMT在Windows下的安装教程" GMT (Generic Mapping Tools) 是一套广泛用于地球科学领域的开源绘图软件,它允许用户创建高质量的地图、图形和图像。由于原本设计为在UNIX/Linux环境下运行,但在Windows操作系统中使用GMT也并非不可能。本教程将详细解释如何在Windows上安装GMT。 首先,你需要访问夏威夷大学SOEST(School of Ocean and Earth Science and Technology)的网站,找到GMT的镜像站点下载所需文件。通常,在台湾地区,你可以选择日本清水的FTP站点进行下载。确保下载以下文件: 1. netcdf-3.6.1-win32.zip:这是一个包含NetCDF库的压缩文件,GMT需要这个库来处理某些数据格式。 2. GMT相关的所有zip文件,包括: - GMT_exe.zip:GMT的可执行文件 - GMT_share.zip:支持运行时文件,如图案、颜色表等 - GSHHS_coast.zip:基本的GSHHS海岸线数据 - GMT_suppl_exe.zip:补充的可执行文件 - GMT_pdf.zip:PDF文档和Unix手册页 - GMT_man.zip:Unix手册页 - GMT_web.zip:所有文档的HTML版本 - GMT_tut.zip:教程数据集 - GMT_src.zip:全部源代码 - GMT_scripts.zip:示例脚本和数据 - GMT_suppl.zip:补充程序源码和文档 - GSHHS_high.zip:高分辨率GSHHS海岸线文件 - GSHHS_full.zip:全分辨率GSHHS海岸线文件 下载完成后,按照以下步骤操作: 1. 解压缩netcdf-3.6.1-win32.zip,并将解压后的文件夹重命名为NETCDF,放在一个新创建的文件夹中。 2. 对于其他以GMT开头的zip文件,将它们全部解压缩在同一目录下。这会创建一个新的名为GMT的文件夹,其中包含bin(GMT程序)、examples(GMT示例)等子目录。 安装过程中,你需要配置环境变量,以便Windows能够找到GMT的可执行文件。打开系统的环境变量设置,将GMT/bin目录添加到PATH变量中。这样,你就可以在任何地方通过命令行运行GMT命令。 为了使GMT正常工作,你还需要安装一些依赖库,如GDAL、Proj等,因为这些库可能不包含在GMT的Windows版本中。这些库通常提供对地理空间数据的支持。 安装完成后,你可以通过打开命令提示符并运行`gmt`命令来测试安装是否成功。如果一切顺利,你应该能看到GMT的帮助信息。 接下来,你可以尝试运行一些简单的GMT脚本或使用提供的示例数据来熟悉软件的用法。GMT的文档非常详尽,包括HTML和PDF格式,涵盖了从基础操作到高级功能的方方面面,是学习GMT的强大资源。 虽然GMT在Windows下的安装相比UNIX/Linux稍显复杂,但遵循上述步骤并确保所有依赖都已正确配置,你就能成功安装并开始利用GMT的强大功能进行地球科学的绘图工作。
2019-10-21 上传
GSEA富集分析,1、准备三个文件第一行:#1.2,表示版本号,自己准备文件时照抄就行; 第二行:两个数分别表示gene NAME的数量和样本数量(矩阵列数-2); 矩阵:第一列是NAME;第二列Description,没有的话可以全用na或任意字符串填充;后面的就是基因在不同样本中标准化后的表达数据了 (部分统计量metrics for ranking genes计算需要log转换后的数据,后面会有提及。其它情况是否为log转换的数据都可用,GSEA关注的是差异,只要可比即可)。 #其次是样品分组信息(通常用.gmt作为后缀) 第一行:三个数分别表示:34个样品,2个分组,最后一个数字1是固定的; 第二行:以#开始,tab键分割,分组信息(有几个分组便写几个,多个分组在比较分析时,后面需要选择待比较的任意2组);(样品分组中NGT表示正常耐糖者,DMT表示糖尿病患者,自己使用时替换为自己的分组名字) 第三行:样本对应的组名。样本分组信息的第三行,同一组内的不同重复一定要命名为相同的名字,可以是分组的名字。例如相同处理的不同重复在自己试验记录里一般是Treat6h_1、Treat6h_2、Treat6h_3,但是在这里一定都要写成一样的值Treat6h。与表达矩阵的样品列按位置一一对应,名字相同的代表样品属于同一组。如果是样本分组信息,上图中的0和1也可以对应的写成NGT和DMT,更直观。但是,如果想把分组信息作为连续表型值对待,这里就只能提供数字。 3. 预定义基因集(gmx or gmt)——非必需文件(需要注意第一列的基因集名称必须是唯一的) 通常用.gmt作为后缀。若采用GSEA预定义的MSigDB数据库中的功能基因集分析,则无需自己定义该文件。每一行为一个功能基因集,第一列为基因集的名称,第二列为简单描述,第三列及以后列为该功能基因集所包含的基因symbol。基因集包含多少个基因,就列出多少个基因。文件以tab作为分隔符。