BMDExpress Data Viewer：解析与可视化BMDExpress转录组数据的Web应用

BMDExpress Data Viewer是一款专为分析BMDExpress数据集设计的开源Web应用程序。BMDExpress是基于转录组数据的一种工具，用于识别转录水平上的基准剂量(BMD)。然而，原始BMDExpress软件在图形展示和数据分析方面存在局限性，导致用户在解读输出文件时面临挑战。为了解决这个问题，BMDExpress Data Viewer的开发团队创建了这款可视化的工具，旨在帮助用户更有效地理解和探索BMDExpress的输出结果。 该工具的核心功能包括： 1. **文件上传**：用户可以直接上传BMDExpress生成的输出文件，以便进行后续的可视化处理。这一步骤支持多种数据格式，便于不同平台的数据导入。 2. **数据概览**：提供了快速浏览和选择视图的功能，允许用户根据需求查看文件的整体概况，如BMD分析总结、探针数据集和动态数据集等。 3. **BMD分析**：支持对单个或多个数据集进行BMD分析，包括峰活动剂量的识别和最敏感路径的扰动分析。这些指标对于风险评估至关重要。 4. **功能分类和富集分析**：通过文件上传，用户可以选择对数据进行功能性分类的汇总或路径分析，同时提供定制过滤选项和泡泡图展示，以便深入了解基因或通路的关联性。 5. **多数据集比较**：允许用户对比多个数据集的BMD参数，通过控制和不同的视图类型来深入研究数据间的差异。 6. **BMDL-BMD范围绘图**：用户可以针对特定的通路和BMD参数绘制BMDL与BMD范围图，有助于理解剂量-反应关系。 7. **技术支持**：工具提供详细的用户手册和技术支持，确保用户能够顺利使用和解决可能出现的问题。 通过BMDExpress Data Viewer，用户能够直观地评估数据质量，模型拟合效果，以及毒理基因组学在风险评估中的应用。这款开源工具的出现，显著提升了BMD数据分析的效率和透明度，对于科研人员和监管机构来说，是一个非常有价值的资源。