Jmol：开源三维化学结构交互式查看器详解

-开源" Jmol是一个专门用于三维化学结构的交互式查看器，开源且功能丰富，它支持多种运行模式，包括基于HTML5的网络应用程序、Java小程序、独立Java程序（Jmol.jar）以及无头服务器端组件（JmolData.jar）。Jmol的核心功能是对各种化学数据文件进行解析和可视化，它支持包括但不限于以下文件格式： - PDB（Protein Data Bank） - CIF（Crystallographic Information File） - SDF（Structure Data Format） - MOL（MDL Molfile） - PyMOL PSE（PyMOL Session File） - Spartan（Spartan项目文件） 此外，Jmol也支持其他量子化学程序的输出文件，如： - Gaussian - GAMESS - MOPAC - VASP - CRYSTAL - CASTEP - QuantumEspresso - VMD - 更多其他格式 Jmol可通过多种方式获取和展示数据，允许用户直接从诸如RCSB（蛋白质数据银行）、EDS（欧洲生物信息学研究所）、NCI（国家癌症研究所）、PubChem和MaterialsProject等数据库下载文件。支持加载和比较多个文件，这在进行科学研究时极为有用。 Jmol具备高度定制的用户界面，通过丰富的脚本语言和完善的Web API实现。这为开发者提供了极大的灵活性，能够根据具体需求定制Jmol的功能。用户可以通过脚本实现交互式动画、线性变形等多种高级功能。这些特性使得Jmol在学术研究和教育领域中具有广泛的应用价值。 Jmol与多个专业工具和程序兼容，例如： - JSpecView：用于光谱数据的查看和分析。 - JSME：一个用于二维到三维化学结构转换的在线编辑器。 - POV-Ray：一个强大的渲染引擎，可以生成高质量的化学结构图像。 - CAD程序：通过VRML导出，支持与3D打印技术的接口。 Jmol的开发团队持续更新并维护软件，提供强大的社区支持和频繁的版本迭代。Jmol-14.31.44版本是Jmol项目中的一个具体版本号，它包含了该版本的特定改进和新特性。 Jmol作为一个开源项目，具有以下特点： - 开放性：任何人都可以访问其源代码，进行改进或扩展新功能。 - 共享性：软件及其更新对于整个社区都是可获得的，不存在许可限制。 - 社区支持：有一个活跃的用户和开发者社区，为用户提供帮助和解答问题。 - 跨平台性：Jmol作为Java应用，可以在任何安装了Java环境的操作系统上运行，包括Windows、Mac OS X和Linux等。 Jmol的应用范围广泛，从大学的化学课程到科研机构的化学研究，再到商业领域中的化学信息学分析，它都能够提供强大的三维化学结构可视化支持。由于其开源和易用的特性，Jmol也被用于在线教育平台，帮助学生和教师理解复杂的化学分子结构。 综上所述，Jmol是一个功能全面且支持多种数据源和文件格式的三维化学结构查看工具，适用于教育和研究领域的专业需求，并且由于其开源特性，为全球的科学社群提供了一个强大的可视化和分析平台。