LAMMPS GPU编译教程：RHEL5U3环境与Nvidia C2050集成

LAMMPS for GPU 编译手册提供了对LAMMPS在GPU环境下进行编译的详细指南，LAMMPS是一个大规模原子分子并行模拟器，由美国Sandia国家实验室开发，采用开源许可。它支持各种物理状态（气态、液态和固态）、多种系综条件以及上百万级别的原子分子体系，其源代码可自由修改以满足用户需求。 在这个教程中，作者假设的基础环境是RHEL5U3操作系统，使用的LAMMPS版本为lammps-7May11.tar.gz，编译器是GNUMPI（mpich2-1.2.1p1.tar.gz），并且依赖了FFTW（fftw-2.1.5.tar.gz）的傅立叶变换库。对于GPU部分，教程选择了Nvidia Tesla C2050作为目标硬件，驱动程序为devdriver_3.2_linux_64_260.19.26.run，CUDA工具包为cudatoolkit_3.2.16_linux_64_sled11.0.run，而CUDASDK则为gpucomputingsdk_3.2.16_linux.run。 首先，安装CUDA环境至关重要，步骤包括访问NVIDIA官网下载适合的操作系统版本的驱动、工具包和SDK。在安装前，需要将Linux系统的启动模式改为命令行启动，以便于驱动安装。安装驱动时，通过运行提供的脚本，并执行nvidia-xconfig-query-gpu-info命令来确认安装的GPU信息，如名称、数量等。 安装过程中，可能需要重启系统，然后按照提示完成安装。一旦驱动安装完成，就可以继续配置CUDA环境，确保LAMMPS能有效地与GPU协同工作。由于LAMMPS的并行特性，GPU的利用对于提升模拟性能至关重要，尤其是在处理大规模分子动力学模拟时，CUDA的并行计算能力可以显著加速计算过程。 这本手册详细指导了如何在特定的硬件和软件环境中配置和编译LAMMPS以利用GPU，这对于那些希望在高性能计算中应用LAMMPS并优化性能的科研人员或工程师来说，具有很高的实用价值。