Jmol: 开源三维化学结构交互式查看器

资源摘要信息:"Jmol是一个开源的三维化学结构的交互式查看器，主要用于查看和分析化学分子结构。它支持多种文件格式，如PDB、CIF、SDF、MOL等，也可以从多个数据库中直接传输文件，如RCSB、EDS、NCI、PubChem和MaterialsProject等。Jmol可以以四种模式运行，包括使用jQuery的纯HTML5网络应用程序、Java小程序、独立的Java程序（Jmol.jar）和“无头”服务器端组件（JmolData.jar）。Jmol支持交互式动画和线性变形功能，具有丰富的脚本语言和完善的Web API，可以轻松定制用户界面。此外，Jmol还与多种科学软件有良好的接口，如用于光谱学的JSpecView，用于2D->3D转换的JSME，用于图像的POV-Ray，以及用于3D打印（VRML导出）的CAD程序。" Jmol的详细介绍： 1. 开源性质：Jmol是开源软件，这意味着任何人都可以免费使用和修改它。开源软件的使用可以提高科学交流的透明度和效率，用户可以根据自己的需求进行定制和优化。 2. 运行模式：Jmol可以运行在四种模式下，分别是使用jQuery的纯HTML5网络应用程序、Java小程序、独立的Java程序（Jmol.jar）和“无头”服务器端组件（JmolData.jar）。这种多模式的运行方式，使得Jmol可以在不同的环境下运行，满足不同的使用需求。 3. 支持的文件类型：Jmol可以读取多种文件类型，包括PDB、CIF、SDF、MOL等。PDB文件是蛋白质数据银行的文件格式，CIF文件是晶体信息文件，SDF文件是结构数据文件，MOL文件是分子结构数据文件。这些文件类型涵盖了大多数的化学分子结构数据。 4. 数据库支持：Jmol可以直接从多个数据库传输文件，包括RCSB、EDS、NCI、PubChem和MaterialsProject等。这些数据库包含了大量的化学分子结构数据，用户可以直接获取所需的分子结构数据。 5. 多文件处理：Jmol可以加载和比较多个文件。这使得用户可以在一个界面中查看和比较不同的化学分子结构，对于科学研究和教学都有很大的帮助。 6. 脚本语言和Web API：Jmol具有丰富的脚本语言和完善的Web API，可以轻松定制用户界面。这使得Jmol不仅可以作为一个查看器，还可以作为一个平台，进行更深入的科学研究和开发。 7. 功能特性：Jmol支持交互式动画和线性变形功能。这些功能可以提高用户对化学分子结构的理解，对于科学研究和教育都有很大的帮助。 8. 软件接口：Jmol与多种科学软件有良好的接口，如用于光谱学的JSpecView，用于2D->3D转换的JSME，用于图像的POV-Ray，以及用于3D打印（VRML导出）的CAD程序。这些接口扩展了Jmol的功能，使其可以与其他科学软件协同工作，提高科学工作的效率。 Jmol的使用非常广泛，从教育到科研，从个人研究到企业应用，都有其身影。由于其开源性质和强大的功能，Jmol已经成为化学分子结构查看和分析的标准工具。