覆瓦式芯片与基因表达分析：新技术与应用

该资源是一本关于生物信息学实用技术的书籍，涵盖了Unix/Linux操作系统基础、生物数据处理、序列比对、基因组/基因注释和SNP分析等内容，旨在帮助用户理解和掌握生物信息学中的核心工具和方法。 在芯片应用部分，特别提到了覆瓦式芯片(Tiling Array)，它是一种非传统的基因表达分析芯片，不再局限于基因编码区，而是基于全基因组序列设计探针，可以用于寻找新基因、非编码RNA区域，以及研究表观遗传调控特征如转录因子结合位点、组蛋白修饰和DNA甲基化等。数据分析章节介绍了芯片数据的标准化处理，这是消除实验技术引起的表达量变化，确保数据可比性的关键步骤，涉及多种标准化方法。 在Linux操作系统部分，书籍介绍了基础操作，包括远程登录、文件管理、文本处理、权限设置、备份压缩、磁盘管理和软件安装等，这些都是生物信息学家日常工作中必不可少的技能。 在数据处理章节，讲解了测序数据的处理，如峰图转化为Phred质量分数、序列转换和聚类拼接，以及使用Phrap、Cap3等工具进行序列比对和组装。此外，还涵盖了Consed用于可视化和编辑组装结果，Primer3用于设计PCR引物。 在序列比对部分，书中详细列出了全局比对和局部比对的工具，包括Clustalw、MUSCLE、HMMER、Blast、blat、blastz、GeneWise、Fasta、Exonerate和Sim4等，这些是生物信息学中用于查找序列相似性和构建进化关系的重要工具。 在基因组/基因注释部分，讨论了重复序列分析、RNA分析（如tRNA、microRNA、snoRNA和rRNA的检测）、基因预测工具（如Glimmer、GlimmerM、Genscan、TwinScan、BGF和Fgenesh）以及基因功能注释工具InterproScan和WEGO。 SNP分析章节则涉及了Polyphred和SNPdetector等工具，用于识别和分析单核苷酸多态性，而cross_match可用于SNP定位。 最后，进化分析部分介绍了Phylip和Paml等软件，用于构建进化树和计算进化参数，如分子进化速率和选择压力。 这本书全面介绍了生物信息学中的各种工具和技术，是学习和实践生物数据分析的宝贵资源。