生物信息学实用：序列预处理与比对工具详解

本资源是一本实用的生物信息学技术指南，专为生物数据分析软件V2.0设计，由北京华大基因研究中心编撰。它详细介绍了生物信息学的基础操作和高级分析方法，适用于Linux操作系统环境。 章节内容涵盖了Unix/Linux操作系统的基础知识，如远程登陆、文件管理、权限设置、备份与压缩等，使读者能够熟悉和掌握生物数据处理的环境。接下来，作者重点讲解了数据的基本处理流程，包括测序原理、序列质量控制（如峰图转化Phred和PolyA检测）、序列聚类与拼接（Phrap和Cap3）、一致性校正工具Consed，以及引物设计工具Primer3。 在序列比对方面，提供了多种全局比对软件（如ClustalW、MUSCLE和HMMER），以及局部比对工具如BLAST、BLAT、BLASTZ、GeneWise、Exonerate和Sim4，帮助用户深入研究序列间的相似性。 基因组和基因注释是核心内容，涉及重复序列分析（RepeatMasker、Trf和LTR_STRUC）、RNA分析（tRNAScan、microRNA、snoRNA和rRNA分析）、基因预测工具（如Glimmer、GlimmerM、Genscan、TwinScan和BGF，以及功能注释工具如InterproScan和WEGO）。 针对SNP分析，书中介绍了PolyPhred质量评估方法，SNPdetector用于SNP检测，以及cross_match在该领域的重要应用。最后，还介绍了进化的研究工具，如Phylip和PAML，以及KaKs用于计算分子进化速率。 整个指南不仅提供了软件的使用教程，还包括了对各种算法原理的解释，确保读者不仅能操作软件，还能理解其背后的生物学意义。对于从事生物信息学研究和实践的人员来说，这是一本不可或缺的参考书籍。