使用指南:bwa与samtools进行短序列比对

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"samtools and bwa是用于二代测序数据分析的两个重要工具。bwa用于序列比对,samtools则处理比对后的SAM/BAM文件。它们常配合使用,提高数据处理效率。" 在生物信息学领域,尤其是针对高通量测序数据的分析中,`bwa`和`samtools`是不可或缺的工具。`bwa`全称为Burrows-Wheeler Aligner,它是一个高效的序列比对软件,能够将短读序列比对到参考基因组上。`samtools`则是一套处理比对结果的工具,能够方便地管理和分析以SAM(Sequence Alignment/Map)或BAM(Binary Alignment/Map)格式存储的数据。 1. `bwa` 的常用功能包括: - `index`: 用于对参考序列进行建库,这是比对的前提。命令行`bwaindex`支持不同的建库算法,如 `-a bwtsw` 或 `-a is`,其中 `-a bwtsw` 适用于大数据量,而 `-a is` 适用于小数据量。例如,`bwaindex -abwtsw ref.fa` 可以创建一个以`ref.fa`为参考的索引。 - `aln`: 这个功能用于进行序列比对,无论是单端还是双端序列。`bwa aln` 命令可以设置多种参数来控制比对策略,如 `-o` 控制最大gap数量,`-l` 设置种子长度,`-k` 设置种子内允许的最大错配数,以及 `-t` 设定并行处理的线程数。例如,`bwa aln -l 32 -k 2 ref.fasta reads.fq` 将以32碱基的种子长度和最多2个错配进行比对。 2. `samtools` 主要处理由`bwa`生成的SAM/BAM文件,提供了一系列便捷的工具,如查看、排序、合并、筛选、统计等。它可以与`bwa`管道连接,使得数据处理流程更加高效。例如,比对完成后,可以用`samtools view`将SAM文件转换成BAM格式,然后用`samtools sort`对BAM文件进行排序。 `samtools`的一些关键参数包括: - `-b`: 指定输入为BAM格式。 - `-o`: 输出文件名。 - `-F`: 筛选出不包含指定flag的记录。 - `-f`: 筛选出包含指定flag的记录。 - `-h`: 保留SAM头信息。 - `-r`: 根据提供区域进行操作。 通过熟练掌握这两个工具的使用,生物信息学家能够高效地进行序列比对和后续的分析工作,例如SNP检测、基因注释、变异分析等。在实际应用中,还需要结合其他软件和生物信息学知识,以完成复杂的生物学问题研究。

使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件,可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了,没有输出文件,也没有报错文件

2023-07-22 上传