BLAST Ring Image Generator（BRIG）使用手册：细菌基因组比较分析工具

BRIGManual BLAST Ring Image Generator (BRIG) 是一款功能强大且广泛应用的细菌基因组比较分析工具。它能够生成高质量的环形图像，显示基因组之间的相似性和差异性，从而帮助研究人员更好地理解细菌基因组的演变和进化。 在本手册中，我们将详细介绍 BRIG 的使用方法和参数设置，以帮助用户更好地掌握该工具。同时，我们也将介绍 BRIG 的一些高级功能，如自定义注释、可视化基因组比较结果等。 1. Introduction BRIG 是一个基于 BLAST 的基因组比较分析工具，能够快速生成高质量的环形图像，显示基因组之间的相似性和差异性。该工具广泛应用于细菌基因组研究、基因组比较和进化生物学等领域。 2. Licence BRIG 是一个开源工具，用户可以免费下载和使用该工具。同时，BRIG 也欢迎用户的贡献和反馈，以便不断改进和完善该工具。 3. Installation 安装 BRIG 需要具备基本的计算机操作系统和 BLAST 软件。用户可以从 SourceForge 网站上下载 BRIG 的安装包，并按照安装向导进行安装。 3.1 Installing BLAST BRIG 依赖于 BLAST 软件，因此用户需要先安装 BLAST 软件。用户可以从 NCBI 网站上下载 BLAST 软件，并按照安装向导进行安装。 4. Warning when using BLAST 在使用 BRIG 时，用户需要注意以下几点： 4.1 Low complexity filtering BRIG 使用 BLAST 软件进行基因组比较，因此用户需要注意低复杂度过滤的问题，以免影响比较结果。 4.2 Expected values (e-values) and bitscores BRIG 使用 e-values 和 bitscores 评估基因组之间的相似性，因此用户需要了解这两个参数的设置和调整。 5. Visualising whole genome comparisons BRIG 可以生成高质量的环形图像，显示基因组之间的相似性和差异性。用户可以按照以下步骤生成环形图像： 5.1 Step 1: Load in sequences 用户需要首先加载基因组序列，然后选择要比较的基因组。 5.2 Step 2: Configure rings 用户需要配置环形图像的设置，包括环形的颜色、大小和布局等。 5.3 Step 3: Review and submit 用户可以预览环形图像，然后提交生成图像。 6. Working with a Multi-FASTA reference BRIG 也可以处理多个 FASTA 格式的参考基因组。用户可以按照以下步骤生成环形图像： 6.1 Step 1: Load in sequences 用户需要首先加载多个 FASTA 格式的基因组序列。 6.2 Step 2: Configure rings and annotations 用户需要配置环形图像的设置，包括环形的颜色、大小和布局等，同时也可以添加注释信息。 6.3 Step 3: Configure image settings and submit 用户可以预览环形图像，然后提交生成图像。 7. Visualising graphs and genome assemblies BRIG 也可以生成图形和基因组装配结果。用户可以按照以下步骤生成图形： 7.1 Walkthrough for visualising SAM file mapping coverage 用户可以按照以下步骤生成 SAM 文件的映射覆盖率图形。 7.2 Walkthrough for visualising ace file assembly coverage 用户可以按照以下步骤生成 ace 文件的装配覆盖率图形。 8. Walkthroughs on creating custom annotations BRIG 也可以生成自定义注释。用户可以按照以下步骤生成自定义注释： 8.1 Adding custom annotations from a tab-delimited file, GenBank or EMBL file 用户可以按照以下步骤添加自定义注释： 8.1.1 Step 1: Load in sequences 用户需要首先加载基因组序列。 8.1.2 Step 2: Configure rings 用户需要配置环形图像的设置，包括环形的颜色、大小和布局等。 8.1.3 Step 3: Adding annotations 用户可以添加自定义注释信息。 8.1.4 Step 4: Review and submit 用户可以预览环形图像，然后提交生成图像。 BRIG 是一个功能强大且广泛应用的细菌基因组比较分析工具。用户可以按照本手册的指导，逐步掌握 BRIG 的使用方法和参数设置，从而更好地应用该工具进行细菌基因组研究和基因组比较分析。