PCA主成分分析法在特征提取中的应用

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0 下载量 168 浏览量 更新于2024-11-08 收藏 80KB RAR 举报
资源摘要信息:PCA(主成分分析)是一种强大的特征提取方法。它通过正交变换将可能相关的变量转换为一组线性不相关的变量,这组变量称为主成分。在数据分析和模式识别领域,PCA被广泛用于降维,以减少数据集的复杂度,同时尽可能保留原始数据的变异性和特征信息。该技术特别适用于数据集中的变量数目很多时,可有效提高后续分析的效率和准确性。 PCA的工作原理是将原始数据转换到一个新的坐标系统中,新坐标系统的第一个坐标轴指向数据方差最大的方向,第二个坐标轴指向次大方差的方向,以此类推,每个主成分都是原始数据在正交方向上的投影,且各主成分之间相互独立。在高维数据中,前几个主成分通常能够解释大部分的方差,因此可以通过选择前几个主成分来实现数据的降维。 PCA的应用非常广泛,例如在图像处理领域中用于提取图像的主要特征;在金融数据分析中用于识别风险因素;在生物信息学中用于基因表达数据分析;在机器学习和数据挖掘中用于数据预处理等。PCA作为一种非监督学习方法,不需要依赖于数据的标签信息,这也是其受到青睐的一个重要原因。 在本资源中,提供了两个与PCA相关的文件:example.m和final.mat。example.m可能是一个MATLAB脚本文件,包含了PCA算法的实现或者是应用PCA进行数据分析的示例代码。MATLAB作为一种广泛使用的数学计算和工程仿真软件,提供有强大的PCA工具箱,可以方便地实现主成分分析。final.mat文件可能包含了应用PCA算法后得到的结果数据,这些数据被存储在MATLAB的矩阵文件格式中,可以被后续分析使用。 由于PCA涉及较为复杂的数学计算,包括协方差矩阵的计算、特征值和特征向量的求解等,在实际应用中,通常需要借助专业的数学软件或者编程库来实现PCA算法。在MATLAB中,可以使用内置函数princomp或者pca来执行主成分分析。 需要注意的是,虽然PCA是一种强大的工具,但它也有一些局限性。例如,PCA假设数据的第一主成分是最重要的,但在某些情况下,最重要的变异可能并不体现在数据的最大方差方向上。此外,PCA对数据的缩放非常敏感,因此在应用PCA之前,常常需要对数据进行标准化处理。PCA也不适用于非线性结构的数据,对于这类数据,可能需要考虑其他降维技术,如核PCA或者自编码器等。

import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import datasets from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D from sklearn.decomposition import PCA from sklearn.preprocessing import StandardScaler data=pd.read_csv('H:/analysis_results/mean_HN.csv') data.head() x=data.iloc[:,1:7] y=data.iloc[:,6] scaler=StandardScaler() scaler.fit(x) x_scaler=scaler.transform(x) print(x_scaler.shape) pca=PCA(n_components=3) x_pca=pca.fit_transform(x_scaler) print(x_pca.shape) #查看各个主成分对应的方差大小和占全部方差的比例 #可以看到前2个主成分已经解释了样本分布的90%的差异了 print('explained_variance_:',pca.explained_variance_) print('explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_) print('total explained variance ratio of first 6 principal components:',sum(pca.explained_variance_ratio_)) #将分析的结果保存成字典 result={ 'explained_variance_:',pca.explained_variance_, 'explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_, 'total explained variance ratio:',np.sum(pca.explained_variance_ratio_)} df=pd.DataFrame.from_dict(result,orient='index',columns=['value']) df.to_csv('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.csv') #可视化各个主成分贡献的方差 #fig1=plt.figure(figsize=(10,10)) #plt.rcParams['figure.dpi'] = 300#设置像素参数值 plt.rcParams['path.simplify'] = False#禁用抗锯齿效果 plt.figure() plt.plot(np.arange(1,4),pca.explained_variance_,color='blue', linestyle='-',linewidth=2) plt.xticks(np.arange(1, 4, 1))#修改X轴间隔为1 plt.title('PCA_plot_HN') plt.xlabel('components_n',fontsize=16) plt.ylabel('explained_variance_',fontsize=16) #plt.savefig('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.png') plt.show()报错'numpy.float64' object is not iterable,如何修改

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