EToKi工具套件：Enterobase数据分析与生物信息学流程

资源摘要信息:"EToKi是基于Python开发的一套用于Enterobase数据分析的工具套件。Enterobase是一个广泛用于肠杆菌科细菌（Enterobacteriaceae）遗传信息分析的平台。EToKi工具套件包含了与Enterobase数据分析管道相关的所有方法，能够处理从基因组组装到多态性分析和系统发育推断的多个步骤。 安装EToKi之前，需要准备一个Python环境，最好是Python 2.7或Python 3.5版本，因为它是在这两个版本中开发和测试的。EToKi的运行依赖于多个Python库：ete3、numba、numpy、pandas和sklearn。这些库可以通过pip包管理器进行安装。pip install ete3 numba numpy pandas sklearn这行命令可以将所有依赖库安装到用户指定的环境中。 EToKi工具套件还调用了多种第三方程序来进行特定的生物信息学任务。这些第三方程序包括但不限于：raxml和fasttree用于系统发育树构建；rapidnj也用于快速构建系统发育树；bbmap、mmseqs、ncbi-blast和usearch用于序列比对；spades、megahit、samtools、pilon和gatk用于基因组组装和变异检测；bwa、bowtie2和minimap2用于读段定位；kraken2和minikraken2用于物种分类；lastal和lastdb用于序列对齐；pilercr用于识别CRISPR序列；trf用于发现简单重复序列；以及各种专门用于微生物基因组分析的工具。 EToKi的核心功能涵盖了基因型分析、序列类型（MLST）分析、基因组组装、多态性分析和系统发育推断等。该工具集通过将多种专业工具集成到一个统一的框架中，极大地简化了数据处理流程，并提高了分析效率。此外，EToKi的设计着重于模块化，用户可以根据需要选择使用其中的某些模块，或者将整个管道集成到自动化分析流程中。 标签中提到的'assembly'指的是基因组组装，即将DNA测序得到的短读段（reads）组合拼接成完整的基因组序列。'mlst'是指多位点序列分型（Multi-locus sequence typing），是一种基于核心基因序列多态性进行微生物分型的方法。'genotype'指的是基因型，是生物体的遗传特征的集合，通常指的是与表型特征相关的基因差异。'phylogeny'和'phylo'指的是系统发育学，是研究生物进化过程中物种之间亲缘关系的科学。'Python'则是指EToKi工具套件使用的编程语言，Python语言在生物信息学领域具有广泛的应用。 文件名称列表中出现的'EToKi-master'可能是指EToKi工具套件的主分支或主版本，该文件通常包含源代码、文档和可能的使用示例。用户可以通过下载'EToKi-master'文件来获得最新版本的EToKi工具，并开始在本地环境上进行安装和运行。"