NTSYS软件2.1版ISSR与SSR数据分析教程

"NTSYS软件是一款用于生物统计和系统学分析的专业工具，尤其适用于ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) 和 SSR (Simple Sequence Repeat) 数据的处理。本文档详细介绍了如何在NTSYS 2.1中处理这两种数据类型，包括Excel 5/95格式和TXT格式的数据导入、编辑和保存，以及计算遗传距离矩阵或相似性矩阵的方法。" 在NTSYS软件中处理ISSR和SSR数据涉及以下关键步骤： 1. **数据准备**： - **Excel 5/95格式**：首先，你需要整理0/1数据，其中1代表存在特定序列，0则表示缺失。确保数据按规定的矩形数据矩阵格式排列，包含行数（个体数）、列数（位点数）信息，并确保无误。然后，将Excel文件另存为Excel 5/95格式（如`.xls`），之后使用NTedit数据编辑器打开，检查并保存为NTSYS可读的`.nts`格式。 - **TXT格式**：你可以直接在Excel中整理数据，但第一行需要包含特定格式信息，接着保存为TXT文件。NTSYS可以直接读取这种格式的文件，无需转换为`.nts`。 2. **NTedit数据输入**： - 对于小规模数据，可以直接在NTedit中输入数据，完成后再保存为`.nts`格式。 3. **计算遗传距离矩阵或相似性矩阵**： - 在数据预处理完成后，进入NTSYS软件的"Similarity"模块。该模块用于计算基于0/1数据或定性数据的遗传距离或相似性。选择合适的计算方法（如Jaccard's Coefficient, Nei's Distance等）进行计算，生成的矩阵可以用于后续的聚类分析、系统发育树构建等。 4. **分析步骤**： - 选择菜单栏中的"Analysis"，根据研究需求选择适合的分析选项，例如UPGMA（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean）或NJ（Neighbor Joining）方法构建系统发育树。 - 结果可视化：完成计算后，可以使用"Plot"功能将结果以图形形式展示，如绘制多态性位点图谱或系统发育树。 5. **注意事项**： - 在整个过程中，确保数据的准确性和完整性，任何错误都可能影响到分析结果的可靠性。 - NTedit是NTSYS内置的数据编辑工具，它能帮助用户检查数据格式，纠正错误，是数据预处理的关键环节。 NTSYS软件的强大之处在于它提供了多种数据分析方法，适用于生物学家和遗传学家进行基因型分析和群体遗传学研究。通过熟练掌握这些步骤，研究人员能够高效地处理和解析ISSR和SSR数据，揭示物种间的遗传关系。