LDRgram: 利用d3_clustergram.js探索LINCS数据集可视化

资源摘要信息:"LDRgram:使用d3_clustergram.js可视化LDR数据" 在探讨和分析生物信息学或任何与大型数据集相关的领域时，数据可视化扮演了至关重要的角色。本文所述的LDRgram正是利用d3.js库中的clustergram组件来对生物医学领域的特定数据集进行可视化的工具。具体来说，LDRgram关注的是展示LINCS数据集注册表（LDR）中的数据。 LDR（LINCS Data Registry）是一个DCIC（药物组合指数中心）的Web应用程序，它为Lincs数据签名生成中心提供的实验数据提供了上载和审核的平台。LDRgram通过展示集群图（clustergram），对不同细胞系在测定法施加的扰动进行了视觉化呈现。在集群图中，通常用蓝色块表示已发布数据，橙色块表示未发布数据。此外，有时还会通过拆分某些图块来表示部分已发布数据，从而为用户提供关于数据状态的直观信息。 LDR数据的处理流程主要依靠名为process_LDR.py的Python脚本来完成。该脚本负责数据的处理，并将结果输出为JSON格式，以便在Web应用程序中使用。输出的JSON文件名为LDR_as_cl.json，位于json static / networks路径下。 d3_clustergram.js是d3.js库的一部分，是一个专门用于创建集群图的工具，适用于展示大型矩阵数据的热图和聚类信息。d3.js本身是一个用于操纵文档基于数据的JavaScript库，它允许以动态和交互式方式显示数据。 在使用LDRgram时，用户还可以根据需要设置可视化组件的固定大小。这可以通过在自定义样式表（custom.css）中调整SVG容器（id为svg_div的div）的尺寸来实现。此外，用户也可以在index.html文件中的arguments_obj参数中设置'resize'属性为false，以禁用自动调整大小的功能。为了达到最好的可视化效果，建议将可视化组件的宽度设置超过650像素。 从标签信息来看，LDRgram是基于JavaScript技术实现的，这表明它应当在支持JavaScript的Web浏览器中运行，并可能要求一定的浏览器兼容性来确保其功能的正常工作。 最后，文件名称列表中仅提供了"LDRgram-master"，这意味着可能仅有一个版本或分支。通常，"master"指的是主分支，是项目最新的稳定版。在Git版本控制系统中，它用来表示可以部署到生产环境的代码。"LDRgram-master"文件名暗示，用户可以访问或下载包含所有必需文件和目录的主分支的压缩包，以进行本地部署或进一步开发。 总结以上信息，LDRgram是利用d3.js实现的一个Web应用程序，它的目的是让研究人员能够通过交互式的集群图可视化LDR数据集，这些数据是关于LINCS项目中细胞系对不同测定法施加的扰动的。可视化组件的大小可以根据用户需求进行调整，且为了保证最佳的显示效果，建议用户不要让可视化组件的宽度小于650像素。LDRgram的开发和使用都依赖于JavaScript语言，从而能够在现代Web浏览器中顺利运行。