LAMMPS 相关问题总结
1. in 文件总览
lammps 做分子动力学模拟时,需要一个输入文件(input script),也就是 in 文件,
以及关于体系的原子坐标之类的信息文件(data file)和势文件(potential
file)。lammps 在执行计算的时候,从这个 in 文件中读入命令,所以对 LAMMPS 的
使用最主要的就是对 in 文件的编写和使用。
(1)lammps 命令分类整理:
Initialization atom_modify, atom_style, boundary,dimension, newton, processors, units
Atom
definition
create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate
Force fields angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric,
dihedral_coeff, dihedral_style,improper_coeff, improper_style,
kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style,
pair_write,special_bonds
Settings communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style,
neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep,
velocity
Fixes fix, fix_modify, unfix
Computes compute, compute_modify, uncompute
Output dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_style,
undump, write_restart
Actions delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize,
run, temper
Miscellaneous clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable
(2)命令书写注意事项
每一非空行都被认为是一条命令(大小写敏感,但极少有命令或参数大写的)。
各命令的顺序可能会对计算产生影响,但大部分情况下不会有影响。
每行后的“&” 表示续行(类似 fortran);“#”表示注释(类似 bash)。
每行命令中的不同字段由空格或者制表符分隔开来,每个字段可以由字母、数
字、下划线、或标点符号构成。
每行命令中第一个字段表示命令名,之后的字段都是相关的参数。
很多命令都是在需要修改默认值的情况下才特别设置的
2. in 文件 4 个部分的详细解释
In 文件总体分为四个模块,分别是 Initialization;Atom definition;Settings;Run a
simulation;其中,Initialization 这一部分包含了关于计算体系最基本的信息,例如
units;dimension;boundaryatom_style;pair_style;bond_style;angle_style;
dihedral_style;improper_style;下面对 in 文件的这四部分进行解