hic-straw：解析和可视化.hic联系人矩阵的利器

资源摘要信息: "hic-straw是一个命令行和Web实用程序，主要用于读取和处理.hic格式的染色体接触矩阵文件。这种文件格式常见于三维基因组学研究中，用以存储染色体之间的接触频率信息。该工具可以方便地在命令行界面（CLI）以及Web界面中使用，便于用户通过编程接口或浏览器界面进行基因组学数据分析。 安装hic-straw需要用户具备Node.js环境。通过npm（Node Package Manager）安装hic-straw的过程很简单，只需要在命令行中执行`npm install hic-straw`即可。该工具提供了多个接口，允许用户从.hic文件中获取所需的信息。 在使用hic-straw时，用户需要指定多个参数，包括规范化方案、基因组区域、单位和片段大小。规范化方案用字符串表示，用于指定数据的标准化方法。基因组区域由染色体名称和起止位置构成，描述了需要分析的特定染色体片段。单位和片段大小用来定义分析的分辨率。例如，当单位为'BP'时，表示分析的单位是碱基对，而`binSize`则是指每个分析片段的大小。 返回的联系人记录集通常包含分类的联系人计数，这些数据有助于理解染色体片段之间的相互作用模式。在Web应用中，用户可以通过在HTML文件中引入hic-straw的JavaScript库文件`hic-straw.js`来使用这个工具。具体的引入方式是在HTML文件中添加一个脚本标签，指向`hic-straw.js`文件的路径。 hic-straw的Web界面使得用户无需编写代码就能进行基本的染色体接触矩阵分析。然而，如果用户需要进行更复杂的操作或者希望集成hic-straw到自己的应用程序中，可以通过命令行接口或者编程接口实现定制化的数据分析流程。 此外，标签"JavaScript"表明hic-straw是一个使用JavaScript编写的工具，这说明它是跨平台的，可以在任何支持JavaScript的环境中运行。它能够无缝地集成到现代的Web浏览器中，使得开发者可以轻松地在网页中嵌入和运行该工具。 压缩包子文件的名称列表中包含的“hic-straw-master”是一个常见的命名约定，通常表示这是一个版本控制（如Git）中存储库的主干（master）分支的压缩包。用户可以下载这个压缩包，并解压来访问所有的源代码和相关的开发资源。 总的来说，hic-straw作为一个专门用于处理.hic格式文件的实用工具，通过其命令行和Web界面，极大地简化了三维基因组学数据的分析流程。它为研究者和开发者提供了一种有效的方式来探索和可视化基因组结构和染色体间的相互作用。"