Gauss R-Group Fragment基团gjf数据集
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更新于2024-10-11
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资源摘要信息:"本文档包含了使用Gaussian软件计算得到的一系列化学基团的Gaussian输入文件(gjf格式)。Gaussian软件是一款广泛使用的量子化学计算软件,能够进行分子的几何优化、能量计算、频率分析、过渡态搜索等。本文档涉及的化学基团包括烷基、烯基、炔基、酰基、酰胺基、硝基、亚硝基、氰基、磺酰基、亚磺酰基、磷酸基、甲磺酸酯、对甲苯磺酸酯等有机官能团。"
知识点详细说明:
1. Gaussian软件介绍:
Gaussian是一款先进的量子化学软件包,用于计算分子和固体材料的电子结构。它支持多种类型的计算,如从基础的分子轨道理论到高级的密度泛函理论以及从头算方法等。Gaussian广泛应用于化学、物理、生物以及材料科学等领域,为研究者提供准确的计算结果和深入的分子层面理解。
2. gjf文件格式:
Gaussian输入文件格式(gjf)是用于描述分子结构、指定计算类型和参数的标准文件格式。一个gjf文件包括分子结构信息(通常以Z矩阵或笛卡尔坐标格式给出),计算设置(如理论水平、基组选择、溶剂效应等),以及额外的控制指令。每个gjf文件对应一个特定的计算任务,用于指导Gaussian软件执行计算。
3. 化学基团类型解析:
- 烷基(alkyl):包括乙基、正丙基、异丙基和正丁基等,它们是构成有机化合物的骨架。
- 烯基(vinyl):含有C=C双键的基团,常见于烯烃类化合物。
- 炔基(ethynyl):含有C≡C三键的基团,常见于炔烃类化合物。
- 酰基(formyl, carboxyl):含有碳基(-CHO)和羧基(-COOH)的官能团,分别用于描述醛类和羧酸类化合物。
- 酰胺基(formamidyl):含有酰胺基团(-CONH2)的化合物,常见于酰胺类化合物。
- 硝基(nitro)和亚硝基(nitroso):含有-N=O结构的基团,分别具有不同的化学和电子性质。
- 氰基(cyano):含有-C≡N结构的基团,常见于氰化物和腈类化合物。
- 磺酰基(sulfonyl)和亚磺酰基(thionyl):分别含有-SO2-和-SO-结构的基团,它们是磺酸和亚磺酸的官能团部分。
- 磷酸基(phosphonyl):含有磷酸基团(-PO3H2)的化合物,属于磷酸酯类。
- 甲磺酸酯(mesylate)和对甲苯磺酸酯(tosylate):分别含有甲磺酸和对甲苯磺酸官能团的酯类化合物,常用于有机合成中作为离去基团。
4. 应用与分析:
对于这些gjf文件,可以进行的计算类型和分析可能包括但不限于:
- 几何优化:确定分子的稳定构型,是进行能量计算和频率分析前的必要步骤。
- 单点能量计算:计算分子在特定构型下的总能量。
- 频率分析:确定分子振动的频率,用于识别稳定结构和过渡态,以及进行热力学性质计算。
- 过渡态搜索:寻找化学反应中的能量极值点,即过渡态结构。
以上这些知识点覆盖了Gaussian软件的使用、gjf文件的结构、涉及的有机官能团类型以及相关的化学计算方法。掌握这些内容有助于进行专业的量子化学计算,理解分子结构与其性质之间的关系,并为实验设计和新材料开发提供理论依据。
2022-04-02 上传
2022-04-02 上传
2023-11-20 上传
2023-03-28 上传
2023-04-29 上传
2024-10-13 上传
2023-04-29 上传
2024-10-12 上传
2023-05-13 上传
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