MATLAB实现贝叶斯对数正态泊松回归模型的开源工具

资源摘要信息:"该资源是一套在MATLAB环境下运行的代码，用于实施Hess等人的对数正态泊松回归模型。对数正态泊松回归是一种统计模型，常用于分析计数数据，特别是在生物学和医学研究中，用于对体细胞突变计数等数据进行建模。本代码提供了两种主要功能：一种是通过马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）方法从模型参数的后验分布中进行采样；另一种是基于一组后验样本计算计数的统计显著性，即后验预测p值。 该代码适用于对通用计数数据进行建模，而不仅仅是针对体细胞突变计数。但是，代码中也包含了特别处理Hess等人在分析中所使用的特定体细胞突变调用的功能。此外，还提供了相关的工具和示例脚本，以便用户可以轻松运行回归并进行数据分析。具体功能包括： 1. src/regr/pois_LN_reg.m：这是一个用于执行对数正态泊松回归的主要函数，它根据模型参数（μ，τ，β）生成后验分布样本。此函数设计用于处理原始计数数据和协变量数据。 2. src/regr/regr_post_pred.m：此函数用于计算后验预测p值，即基于后验样本的计数统计显著性。 3. src/pois_LN_reg_wrapper.m：这是一个包装器脚本，专门用于处理Hess等人分析中特定格式的体细胞突变调用数据。 目前，该代码库是开源的，这意味着用户可以自由地访问、修改和分发代码。在使用这些资源之前，建议用户详细阅读附带的自述文件和示例文件（如demo.m），以便更好地理解代码的使用方法和功能。 该代码库的文件名称为getzlab-LNP-master，表明它被组织成一个标准的源代码仓库，方便版本控制和代码维护。开发者可以通过版本控制系统（如Git）跟踪代码的变更历史，协作开发，并确保代码的稳定性和可追溯性。" 知识点: - MATLAB代码：一种用于数值计算、可视化和编程的高级语言和交互式环境。主要用于工程、科学计算、数据分析和教育领域。 - 对数正态泊松回归模型：一种用于分析计数数据的统计模型，适用于当数据不符合标准泊松模型时，计数分布的对数是正态分布的情况。 - 后验分布：在贝叶斯统计中，后验分布是在给定观测数据后参数的概率分布。 - 马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）方法：一种随机模拟技术，用于从复杂的概率分布中进行抽样，常用于计算后验分布。 - 后验预测p值：在贝叶斯统计中，使用后验分布的样本计算得到的p值，用于判断模型预测或数据与模型的拟合程度。 - 体细胞突变计数：生物医学研究中关注的一类计数数据，指在有机体的非生殖细胞中发生的遗传变异。 - 开源：指软件的源代码可以被公开访问，用户有权限自由使用、修改和分享代码。 - 版本控制：一种记录和管理代码随时间变化的方法，常用工具有Git、SVN等。