VMD教程：分子图形与环境设置保存

"VMD是一种分子动力学可视化软件，它允许用户查看和操作分子结构，如蛋白质。本教程主要涉及如何保存VMD环境状态、设置和生成高质量图像，以及VMD的基本使用。" 在VMD中，用户可以保存当前的工作状态，以便在后续的会话中快速恢复之前的设置。要保存VMD的状态，可以按照以下步骤进行： 1. 打开VMD主窗口，通过菜单栏选择“文件”（File）—— “保存状态”（Save State），然后输入一个合适的文件名，例如"myfirststate.vmd"。这样就能保存当前的VMD环境，包括显示方式、环境设置等信息。 当需要重新加载之前保存的状态时，可以使用“文件”（File）—— “加载状态”（Load State）菜单项，导入保存的文件，从而恢复先前的工作环境。 为了获取可用于报告或其他文件的高质量图像，VMD提供了润色和渲染功能： 2. 用户可以调整视角，如缩放、旋转和改变分子的位置，选择合适的显示方法，并调整分辨率和其他属性以优化视觉效果。特别是对于蛋白质分子，要特别注意每个显示方法的分辨率，以确保分子细节的清晰度。 3. 如果不希望显示某些由Sequence Viewer extension创建的额外视图，可以选择隐藏或删除它们。 4. 要改变图像的背景颜色，选择“图形”（Graphics）—— “颜色”（Colors）菜单，然后在“显示”（Display）类别下，选择“背景”（Background）并设置为白色，以提供更好的图像对比度。 5. 为了渲染图像，选择“文件”（File）—— “渲染”（Render），这将打开“文件渲染控制”（File Render Controls）窗口。 6. 根据操作系统（Unix或Mac OS X）选择合适的渲染引擎，如TachyonInternal。在非这些系统的机器上，可能需要选择Tachyon。 7. 输入图像文件名，例如"picture.tga"或"picture.dat"，指定保存渲染后的图像文件。 此外，这个VMD教程还涵盖了分子图形表现的基础知识，包括如何创建逼真的图像。对于高级用户，它还介绍了VMD的脚本功能，这些功能可以增强用户界面的灵活性和效率。教程中选择了泛素，一个由76个氨基酸组成的保守蛋白质，作为示例来演示VMD的应用。 完成本教程大约需要3小时的时间，无论新老用户都可以从中学习到如何更有效地使用VMD进行分子结构的可视化和分析。教程中包含了一些额外的信息和技巧，以帮助用户更好地理解和使用VMD。对于图像查看，VMD可以输出多种格式的文件，用户可以根据自己的操作系统选择相应的绘图程序进行查看，例如Unix/Linux下的xmgrace，Windows下的Excel，或者跨平台的Mathematica。