parafly:基于OpenMP的并行Unix命令处理工具

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资源摘要信息:"parafly是一个开源项目,旨在通过使用OpenMP的并行命令处理功能,实现对Unix命令列表的多线程并行处理。它运行在单个服务器上,通过并行执行的方式加速命令的执行效率。parafly不仅可以高效地执行命令,还具备捕获命令执行的结果(成功或失败),并将执行失败的命令记录下来并报告的功能,从而为系统管理员或开发者提供了便捷的并行处理和问题诊断工具。" 知识点详细说明: 1. OpenMP并行编程模型 OpenMP(Open Multi-Processing)是一套支持多平台共享内存并行编程的API。它提供了一组编译器指令、库函数和环境变量,能够简化多线程程序的编写,主要用于多线程并行计算领域。OpenMP采用基于线程的并行模型,能够利用多核处理器的优势,通过轻量级的线程创建和管理,实现程序的并行执行。 2. Unix命令行处理 Unix命令行处理是指在Unix或类Unix操作系统中,用户通过命令行界面输入命令并执行的过程。Unix系统提供了丰富的命令行工具,这些工具可以组合使用,通过管道(pipe)、重定向等机制来执行复杂的任务。parafly项目关注的是对这些命令行的自动化处理,使其能够并行化执行。 3. 多线程与并行计算 多线程是一种编程技术,允许在单一进程内同时执行多个线程(即轻量级的进程),这样可以提高程序的执行效率和响应速度。并行计算则是在多个处理器或节点上同时执行多个任务的过程,它通常用于解决大规模计算问题。在单个服务器上实现并行计算的一个主要方法就是多线程。 4. 命令执行结果的捕获与管理 在执行一系列命令时,了解每个命令的执行结果是非常重要的。parafly项目实现了对命令执行成功或失败的捕获,并将失败的命令记录下来。这要求程序能够判断命令的退出状态,并且具备一定的错误处理机制,以便于用户后续查看和分析。 5. 开源软件特性 开源软件是指其源代码可以被公开获取和修改的软件。开源软件通常伴随着社区支持、自由使用、修改和分发的权利。对于parafly这样的开源项目,意味着任何人都可以自由地获取其源代码,理解其工作原理,参与改进,或者根据自己的需求进行定制。 6. 文件压缩与备份 文件压缩是指使用特定的算法减少文件大小的过程,常用的压缩格式包括zip、rar、tar等。文件压缩后占用的存储空间更少,便于存储和传输。备份则是一种数据保护方式,将数据复制一份或多份存放在不同的物理位置,以防原始数据丢失或损坏。在本案例中,压缩包子文件(parafly-r2013-01-21)可能是指将parafly项目源代码及相关文件打包压缩,并进行版本标记以供存档和分发。 通过以上知识点的详细说明,可以看出parafly项目的核心在于利用OpenMP并行编程模型,通过多线程的方式在单个服务器上高效地执行Unix命令,并对执行结果进行有效的捕获和管理,从而为用户提供一个强大的并行命令处理工具。同时,作为开源软件,它还具有开放性和社区协作的优势。
2019-09-27 上传
Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scripts/blast.pl [options] BLAST_DB file.fasta > out.txt --tmp-prefix default: blast 设置临时文件或文件夹前缀。默认设置下,程序生成command.blast.list,blast.tmp/等临时文件或目录。 --chunk default: 10 设置每个数据块的序列条数。程序会将输入FASTA文件中的序列从前往后分割成多份,每10条相邻的序列分配到一个FASTA文件中;在blast.tmp/临时文件夹下生成次级文件夹,每个文件夹做多放置10个FASTA文件;每个fasta文件写出一条BLAST命令到command.blast.list文件中;然后程序调用ParaFly进行并行化计算。 请注意:若数据块的数量超过100万个,默认设置下blast.tmp/文件夹中的目录数量太多(超过1万个),导致文件系统运行缓慢,ParaFly程序运行效率低下,无法充分利用服务器计算资源。此时推荐设置--chunk参数值为100。 --blast-program default: blastp 设置运行的BLAST命令,支持的命令有:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx。 --CPU default: 1 设置并行运行的BLAST程序个数。 --blast-threads default: 1 设置BLAST命令的-num_threads参数值。该参数让每个BLAST命令可以多线程运行。 请注意:--blast-threads参数值和--CPU参数值的乘积不要超过服务器的CPU总计算线程数。 --evalue default: 1e-3 设置BLAST命令的-evalue参数值。 --outfmt default: 5 设置BLAST命令的-outfmt参数值。输出方式。若为5,则输出xml格式结果,若为6或7,则输出表格结果。 --max-target-seqs default: 20 设置BLAST命令的-max_target_seqs参数值。该参数设置BLAST最多能匹配数据库中的序列数量。 -clean 若添加该参数,则在运行程序成功后,会删除临时文件或文件夹。