UALCAN数据库：癌症基因表达与生存分析工具

"UALCAN数据库是一个综合的、用户友好的在线平台，专为癌症转录组学研究设计，方便用户分析和探索公共数据库中的癌症基因表达数据。它提供了丰富的功能，如访问TCGA、MET500和CPTAC等公共癌症组学数据，鉴定生物标志物，验证基因表达，展示蛋白质、miRNA、lincRNA的表达谱，以及患者生存信息。此外，UALCAN还支持评估启动子区甲基化对基因表达的影响，进行泛癌分析，并连接到多个外部数据库获取更多关于基因和靶点的信息。" UALCAN数据库由Chandrashekar等人在2017年的《Neoplasia》杂志上发表，其网址是http://ualcan.path.uab.edu/。这个工具的主要应用包括： 1. **访问公共癌症组学数据**：UALCAN允许用户轻松地访问和分析来自TCGA（The Cancer Genome Atlas）、MET500和CPTAC（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）的数据。TCGA是一个大型的多癌症类型研究项目，而MET500则专注于转移性肿瘤，CPTAC则整合了基因组和蛋白组学信息。 2. **鉴定生物标志物与基因验证**：研究人员可以使用UALCAN来鉴定可能的生物标志物，并验证特定基因在癌症中的作用和表达模式。 3. **表达谱与生存分析**：UALCAN提供基因、蛋白质、miRNA和lincRNA的表达谱，以及患者生存信息的图表，帮助理解这些分子与癌症患者预后的关系。 4. **表观遗传调控分析**：通过评估启动子区的甲基化，UALCAN允许用户研究这些修饰如何影响基因的表达，从而揭示癌症中的表观遗传调控机制。 5. **泛癌分析**：用户可以进行跨多种癌症类型的基因表达分析，以发现普遍的癌症相关模式。 6. **链接到外部资源**：UALCAN与HPRD（Human Protein Reference Database）、GeneCards、PubMed、TargetScan、The Human Protein Atlas、DrugBank、OpenTargets和GTEx等多个数据库相连，提供更全面的基因和靶标信息。例如，HPRD存储经过实验验证的人类蛋白质相互作用信息，而OpenTargets利用遗传学和基因组学数据识别药物靶点。 UALCAN的界面简洁直观，分为Home、Tutorial、TCGA和CPTAC等部分，方便用户快速导航和学习使用。通过这些功能，UALCAN为癌症研究者提供了一个强大的工具，用于深入理解和解析癌症的分子基础。