"易生信2022：23HUMAnN2微生物组宏基因组分析流程及MetaPhlAn2软件使用"

易生信（Yi-Sheng Xin）在2022年3月26日举办了微生物组—宏基因组分析专题研讨会的第14期，主题是23HUMAnN2物种和功能组成。会议中介绍了一个基于读长的分析流程，主要包括软件安装和数据库部署、KneadData质控、MetaPhlAn2物种组成、HUMAnN2功能组成、GraPhlAn可视化物种、LEfSe分析物种差异以及STAMP功能组成分析等步骤。 会议提到MetaPhlAn2是一种用于分析微生物群落组成的工具，可以通过一条完整的命令获得微生物的物种丰度信息，并提供脚本进行进一步的统计和可视化。MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量，该方法的原始文章是由Segata, N.等人于2012年发表的。会议还提到，MetaPhlAn2是由再次改进的版本，于2015年发表。 此外，会议还介绍了一个名为GraPhlAn的工具，可以对物种进行可视化处理。另外，会议还提到了LEfSe（线性效应大小估计）和STAMP等工具，分别用于分析物种差异和功能组成。 总之，易生信的微生物组—宏基因组分析专题研讨会第14期主要介绍了23HUMAnN2物种和功能组成的分析流程，包括MetaPhlAn2物种组成、HUMAnN2功能组成以及相关的软件和工具的应用。