粗糙信息熵驱动的基因分析与疾病关联性研究

需积分: 0 0 下载量 52 浏览量 更新于2024-09-08 收藏 148KB PDF 举报
本文主要探讨了基于粗糙集理论的基因分析与选择方法,特别是在生物信息学领域中的应用。粗糙集理论是处理不确定性知识的一种数学工具,而信息熵则是衡量系统不确定性的关键指标。在这个研究中,作者引入了粗糙信息熵的概念,将其应用于基因表达数据的分析。 首先,论文定义了一种新的基因选择度量标准,这个标准结合了粗糙集中的属性重要性和粗糙信息熵的特性。属性重要性反映了基因在疾病分类中的相对贡献,而粗糙信息熵则衡量了基因作为条件属性时,对疾病样本分类的不确定性。通过这种结合,研究人员能够更精确地评估每个基因对疾病分类预测的影响力。 接着,研究人员提出了RMSME(粗糙信息熵最大减少的基因选择)算法,其核心步骤是对基因集合进行排序,优先选择那些能最小化疾病分类不确定性、即粗糙信息熵最大的基因。这一步骤旨在找到与疾病分类最相关的基因组合,从而提高分类精度和解释性。 在实验部分,作者使用实际的数据集对RMSME算法的有效性进行了验证。通过对真实基因表达数据的处理和分析,算法成功地挑选出了与疾病分类密切相关的基因,证明了这种方法在实际生物信息学研究中的实用性。 关键词“粗糙集”、“生物信息学”、“基因表达”、“信息熵”和“数据挖掘”表明了本文的研究背景和核心内容,分别强调了粗糙集理论的理论基础、生物数据的处理技术、信息熵在量化不确定性上的作用以及数据挖掘在揭示基因与疾病关系中的应用。 这篇论文提供了一个创新的方法来利用粗糙信息熵进行基因选择,这对于理解基因在疾病发生发展中的作用,优化基因表达数据的分析,以及提升疾病预测模型的性能具有重要意义。它展示了粗糙集理论如何与生物信息学领域紧密结合,为未来个性化医疗和精准医学的发展提供了可能。

#------(一)方法1:基于指标体系1的结果---- #--------1.数据导入------------- library(xlsx) d1.1 <- read.xlsx('data.xlsx', '2022', encoding = "UTF-8") #读取数据 head(d1.1,10) colnames(d1.1) d1 <- d1.1[,5:ncol(d1.1)] d1 <- abs(d1) #---------2.归一化处理--------------- Rescale = function(x, type=1) { # type=1正向指标, type=2负向指标 rng = range(x, na.rm = TRUE) if (type == 1) { (x - rng[1]) / (rng[2] - rng[1]) } else { (rng[2] - x) / (rng[2] - rng[1]) } } #---------3.熵值法步骤---------- #定义熵值函数 Entropy = function(x) { entropy=array(data = NA, dim = ncol(x),dimnames = NULL) j=1 while (j<=ncol(x)) { value=0 i=1 while (i<=nrow(x)) { if (x[i,j]==0) { (value=value) } else { (value=value+x[i,j]log(x[i,j])) } i=i+1 } entropy[j]=value(-1/log(nrow(x))) j=j+1 } return(entropy) } Entropy_Weight = function(X, index) { pos = which(index == 1) neg = which(index != 1) X[,pos] = lapply(X[,pos], Rescale, type=1) X[,neg] = lapply(X[,neg], Rescale, type=2) P = data.frame(lapply(X, function(x) x / sum(x))) e = Entropy(P) d = 1 - e # 计算信息熵冗余度 w = d / sum(d) # 计算权重向量 list(X = X,P = P, w=w) } #-------4.代入数据计算权重----- # -------二级指标权重------ ind=array(rep(1,ncol(d1))) aa=Entropy_Weight(X = d1,index = ind) weight=as.data.frame(aa["w"]) weigh X <- as.data.frame(aa["X"]) X P <- as.data.frame(aa["P"]) P d1.a <- X[,c(grep("A",colnames(X)))] d1.b <- X[,c(grep("B",colnames(X)))] d1.c <- X[,c(grep("C",colnames(X)))] d1a <- as.matrix(d1.a) d1b <- as.matrix(d1.b) d1c <- as.matrix(d1.c) n1 <- ncol(d1a) n2 <- ncol(d1b) n3 <- ncol(d1c) wa <- weight[1:n1,1] wb <- weight[(n1+1):(n1+n2),1] wc <- weight[(n1+n2+1):(n1+n2+n3),1] wa <- as.matrix(wa,ncol =1) wb <- as.matrix(wb,ncol =1) wc <- as.matrix(wc,ncol =1) indexa <- d1a%%wa indexb <- d1b%%wb indexc <- d1c%*%wc d1abc <- cbind(indexa,indexb,indexc) 参考以上代码,用不同一级指标下分别计算二级指标权重,再求一级指标权重

2023-06-10 上传