BioPython：运行外部程序与系统发育分析工具集成

本资源主要介绍了如何在Bio.Phylo模块中运行外部程序，特别是针对生物信息学中的系统发育分析。文章首先强调了虽然Bio.Phylo自身不进行序列比对，但提供了与Bio.Emboss.Applications和Bio.Align.Applications等模块类似的框架，以便调用第三方程序。例如，1.58版本的Biopython引入了PhyML包装器，它支持Phylip-relaxed格式的输入，并能处理多种参数。通过PhymlCommandline类，用户可以轻松执行比对，生成Newick格式的树文件和统计文件。 此外，文章提到了RAxML包装程序，它也被集成到1.60版本的Biopython中，用于执行类似的功能。对于那些已经在系统中安装了EMBOSS Phylip扩展的用户，可以通过Bio.Emboss.Applications访问dnaml和protml等常用Phylip程序。 重点在于PAML整合部分，1.58版本引入了对PAML的支持，这是一个基于最大似然法进行系统进化分析的软件包。使用PAML时，用户需要初始化PAML对象，指定输入文件、树文件、输出文件和工作路径，然后通过set_options方法设置运行选项，最后通过run方法执行。对于codeml、baseml和yn00等PAML程序，都有相应的封装，例子展示了如何设置和运行codeml。 整个章节详细阐述了如何利用这些工具进行生物信息学分析，包括第三方程序的调用和PAML的具体使用方法。这对于从事生物信息学研究的人来说，是一个实用且重要的指南，尤其对于那些希望利用Python进行系统发育分析的用户来说，这部分内容显得尤为关键。