Circall：利用配对末端RNA测序数据检测环状RNA的新技术

资源摘要信息:"Circall是一种创新的计算机程序，专门用于从配对末端RNA测序数据中识别环状RNA（circRNA）。环状RNA是一类非编码RNA，它们以共价闭环的形式存在，与线性RNA的典型特征——5'端的帽子结构和3'端的多腺苷酸尾巴不同。它们在多种生理和病理过程中发挥作用，因此成为现代生物医学研究的热点。Circall的出现为生物学研究者提供了一个新工具，使得分析此类RNA分子变得更加高效和准确。 在Circall的最新版本0.0.0中，作者们引入了准映射方法，这是一种比对策略，可以在保证准确性的同时，提高处理速度。这对于处理大规模RNA测序数据至关重要。此外，Circall还采用了多维局部错误发现方法，进一步优化了候选circRNA的评估流程，提高了检测的准确性。这些特点使得Circall在众多环状RNA发现工具中脱颖而出。 Circall的实现依赖于R语言和C++编程语言，这要求用户具备一定的编程背景知识。其中，R语言部分需要版本3.6.0或更高，且必须安装有GenomicFeatures、Biostrings等软件包。这些软件包在R的生物计算和基因组分析中扮演了重要角色。对于C++部分，需要GCC的C++-11兼容编译器版本，具体要求是g++版本大于或等于4.8.2。 在具体使用上，用户首先需要准备配对末端RNA测序数据，然后通过Circall的流程进行处理。处理流程大致包括数据的导入、质量控制、比对、circRNA候选的提取与评估等步骤。最终，用户可以从输出结果中获得环状RNA的信息，包括它们的位置、表达水平以及可能的功能等信息。 值得注意的是，Circall软件的开发和维护依赖于开源社区的贡献。在文档中提到了向软件中贡献材料的其他工具，例如Sailfish和Rapmap等，这些工具在RNA测序数据处理中也有重要应用。Sailfish是一个快速的RNA测序定量工具，而Rapmap则是一个快速RNA-seq读取比对器。Circall的开发团队承认这些工具的材料并可能在Circall的实现中使用了它们的一些技术。 尽管Circall已经发布了0.0.0版本，但根据其介绍，我们了解到这仅仅是一个初始版本。可以预期，随着软件的不断更新，其功能和性能将会得到进一步的优化和增强。对于研究人员而言，掌握Circall等生物信息学工具的使用，将大大加速环状RNA研究的进展。"