深度学习在动态MRI图像重建中的应用

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资源摘要信息:"kt-Dynamic-MRI-Reconstruction:[MICCAI'19] kt下一步" 知识点概述: 1. 动态MRI重建与深度学习结合的背景与意义: 动态磁共振成像(MRI)是一种医疗成像技术,其特点是能够在时间上持续捕捉生理活动的动态变化,例如心脏跳动或器官运动。然而,动态MRI扫描过程可能会因为需要高时间分辨率而受到速度的限制。利用深度学习技术,尤其是卷积神经网络(CNN)和循环神经网络(RNN),可以大幅提高MRI成像速度和图像质量,这对于临床应用和研究都具有重要意义。 2. 时空相关性与深度学习在动态MRI中的应用: 由于k空间(即MRI信号的频率编码空间)和时间具有高度相关性,深度学习模型可以学习这些时空数据中的模式,并利用这些模式进行高效的数据重建。这种基于模型的深度学习方法能够从高度欠采样的数据中恢复出高质量的MRI图像,从而减少扫描时间和潜在的病人不适。 3. kt NEXT与CTFNet模型介绍: - kt NEXT(带有Xf变换的kt NEtwork):针对单线圈采集环境设计,该模型能够有效地利用k空间与时间的结合特性,通过Xf变换整合时空域信息,实现动态MRI图像的重建。 - CTFNet(互补时频域网络):为多线圈采集环境开发的模型,通过探索不同线圈间的数据互补性,同时从时频域和图像域提取特征,以达到更好的重建效果。 4. 项目实现与代码结构: 资源库中包含了kt NEXT和CTFNet模型的实现,以及使用PyTorch深度学习框架构建的CRNN-MRI模块。PyTorch是一种广泛使用的开源机器学习库,非常适合于深度学习模型的研发。CRNN-MRI模块包含了卷积神经网络和循环神经网络的元素,专为处理MRI图像设计。 5. Python在动态MRI重建中的应用: Python作为一种高级编程语言,拥有丰富的数据科学和机器学习库,例如NumPy、Pandas、SciPy等,这些库在处理医学成像数据中非常有效。本项目使用Python语言,不仅因为其高效的开发能力和丰富的社区资源,也由于Python在学术界和工业界中的流行度,便于学术交流和技术推广。 6. 论文引用与研究贡献: 虽然资源信息中没有提供具体的论文引用链接,但提到了两篇论文,一篇是“[MICCAI'19] kt下一步”,另一篇是“正在审查中”的关于动态并行MR图像重建的论文。这两篇论文分别介绍了kt NEXT和CTFNet方法的研究背景、方法论、实验验证和未来展望,是理解和运用这些技术的基础。 7. 开源代码与社区共享: 该存储库的发布表明了科研人员对于开源精神的尊重和推广。通过开源自己的代码,研究者不仅可以公开验证自己的研究结果,也能鼓励全球范围内的学者和开发者参与到模型的优化、扩展和应用中来,从而加快技术的进步和应用。 总结而言,该资源摘要信息展示了深度学习在动态MRI重建领域的重要应用,介绍了两个基于深度学习的模型kt NEXT和CTFNet,并强调了Python编程语言和PyTorch深度学习框架在此类研究中的关键作用。同时,它还指出了开源代码对于学术研究和技术创新的重要性。

将下面这段代码改用python写出来: clear all; close all; fdir = '../dataset/iso/saii/'; %Reconstruction parameters depth_start = 710; depth_end = 720; depth_step = 1; pitch = 12; sensor_sizex = 24; focal_length = 8; lens_x = 4; lens_y = 4; %% import elemental image infile=[fdir '11.bmp']; outfile=[fdir, 'EIRC/']; mkdir(outfile); original_ei=uint8(imread(infile)); [v,h,d]=size(original_ei); %eny = v/lens_y; enx = h/lens_x; % Calculate real focal length %f_ratio=36/sensor_sizex; sensor_sizey = sensor_sizex * (v/h); %focal_length = focal_length*f_ratio; EI = zeros(v, h, d, lens_x * lens_y,'uint8'); for y = 1:lens_y for x = 1:lens_x temp=imread([fdir num2str(y),num2str(x),'.bmp']); EI(:, :, :, x + (y-1) * lens_y) = temp; end end %Reconstruction [EIy, EIx, Color] = size(EI(:,:,:,1)); %% EI_VCR time=[]; for Zr = depth_start:depth_step:depth_end tic; Shx = 8*round((EIx*pitch*focal_length)/(sensor_sizex*Zr)); Shy = 8*round((EIy*pitch*focal_length)/(sensor_sizey*Zr)); Img = (double(zeros(EIy+(lens_y-1)*Shy,EIx+(lens_x-1)*Shx, Color))); Intensity = (uint16(zeros(EIy+(lens_y-1)*Shy,EIx+(lens_x-1)*Shx, Color))); for y=1:lens_y for x=1:lens_x Img((y-1)*Shy+1:(y-1)*Shy+EIy,(x-1)*Shx+1:(x-1)*Shx+EIx,:) = Img((y-1)*Shy+1:(y-1)*Shy+EIy,(x-1)*Shx+1:(x-1)*Shx+EIx,:) + im2double(EI(:,:,:,x+(y-1)*lens_y)); Intensity((y-1)*Shy+1:(y-1)*Shy+EIy,(x-1)*Shx+1:(x-1)*Shx+EIx,:) = Intensity((y-1)*Shy+1:(y-1)*Shy+EIy,(x-1)*Shx+1:(x-1)*Shx+EIx,:) + uint16(ones(EIy,EIx,Color)); end end elapse=toc time=[time elapse]; display(['--------------- Z = ', num2str(Zr), ' is processed ---------------']); Fname = sprintf('EIRC/%dmm.png',Zr); imwrite(Img./double(Intensity), [fdir Fname]); end csvwrite([fdir 'EIRC/time.csv'],time);

2023-07-11 上传
2023-06-01 上传