PyMOL基础操作手册

"PyMOL_Users_Manual 是一个关于PyMOL的简单使用手册，主要涵盖基础操作，适合入门学习。" PyMOL是一款强大的分子可视化软件，用于研究生物大分子如蛋白质、核酸等的结构。这个用户手册虽然古老且已过时，但依然能提供一些基本操作的指导。 手册内容包括多个命令和功能的参考，如： 1. **accept**: 接受某些操作或请求。 2. **alias**: 创建别名，简化命令输入。 3. **align**: 对齐分子结构，通常用于比较不同结构间的相似性。 4. **alt_special**: 处理特殊选择，可能涉及不同的原子状态。 5. **alter**: 修改选定原子的属性，如电荷、名称等。 6. **alter_state**: 在不同的分子状态间进行更改。 7. **attach**: 加载或连接分子文件到当前视图。 8. **backward/forward**: 在浏览历史中前进或后退。 9. **bg_color**: 更改背景颜色，影响分子显示效果。 10. **bond**: 创建或管理分子间的化学键。 11. **button**: 配置鼠标按钮的行为。 12. **cartoon**: 用卡通风格展示蛋白质的主链和侧链。 13. **cd**: 改变当前工作目录，影响文件的加载和保存。 14. **center**: 将视图中心对准指定的对象。 15. **clip**: 控制视角的剪切平面，改变可视范围。 16. **cls**: 清除屏幕，重置视图。 17. **color**: 改变原子或选定对象的颜色。 18. **commands**: 执行一系列PyMOL命令。 19. **copy**: 复制选定的对象或模型。 20. **count_atoms**: 统计选定对象的原子数量。 21. **count_frames**: 计算模型中的帧数，常用于动画或动态模拟。 22. **count_states**: 统计分子的不同状态数。 23. **create**: 创建新的模型或对象。 24. **ctrl_special**: 与Ctrl键相关的特殊操作。 25. **cycle_valence**: 循环显示原子的价态。 26. **decline**: 拒绝某些操作或请求。 27. **delete**: 删除选定的对象。 28. **deprotect**: 取消保护选定的原子或对象，允许修改。 29. **deselect**: 取消选定的对象。 30. **disable/enable**: 禁用或启用选定对象的显示。 31. **distance**: 计算两个点或原子之间的距离。 32. **do**: 执行Python脚本或表达式。 33. **dss**: 显示氢键或其他结构特征。 34. **dummy**: 添加虚拟原子或基团。 35. **edit**: 编辑分子结构，如添加、删除原子。 36. **ending**: 设置操作的结束条件。 37. **extend**: 扩展选定的对象或模型。 38. **feedback**: 控制用户反馈和日志信息。 39. **find_pairs**: 查找并配对原子对，如用于氢键分析。 40. **fit**: 将一个结构拟合到另一个结构上，计算最佳对应。 41. **flag**: 标记或分类原子。 42. **forward/backward**: 在浏览历史中前进或后退。 43. **fragment**: 分割或合并分子片段。 44. **frame**: 选择或切换模型的帧。 45. **full_screen**: 切换全屏模式。 46. **fuse**: 合并选定的对象或模型。 47. **get_area**: 计算选定区域的表面积。 48. **get_chains**: 获取选定对象的链信息。 49. **get_dihedral**: 获取四原子的构象角。 50. **get_extent**: 获取分子的几何范围。 51. **get_frame**: 获取当前帧的信息。 52. **get_model**: 获取模型的详细信息。 53. **get_names**: 获取选定对象的原子名称。 54. **get_pdbstr**: 从模型中提取PDB格式的字符串。 55. **get_povray**: 获取用于POV-Ray渲染的数据。 56. **get_state**: 获取选定对象的状态信息。 57. **get_symmetry**: 获取分子的对称性信息。 58. **get_title**: 获取分子的标题或名字。 59. **get_type**: 获取原子的类型信息。 60. **get_view**: 获取当前视图的参数。 61. **h_add/h_fill**: 增加或填充氢原子到分子结构中。 62. **help**: 提供帮助信息。 63. **hide**: 隐藏选定的对象。 64. **id_atom**: 根据ID查找特定原子。 65. **identify**: 自动识别分子结构中的功能单元。 66. **index**: 获取原子的索引信息。 67. **indicate**: 显示特定特征，如氢键或相互作用。 68. **intra_fit**: 在同一模型内部进行结构拟合。 69. **intra_rms**: 计算模型内原子间的均方根偏差。 70. **intra_rms_cur**: 计算当前帧内的RMS差异。 71. **invert**: 反转选定对象的某些属性，如颜色或透明度。 72. **isodot**: 显示等值面，常用于表示电子密度或电荷分布。 73. **isolevel**: 设置等值面的阈值。 手册中还提到了版权和使用条款，以及商标信息，但具体内容没有给出。对于现代PyMOL用户，建议查阅最新的在线文档以获取最新特性和改进。