RNA-seq数据分析实践指南：生命科学领域的入门介绍

资源摘要信息:"RNA-seq数据分析研讨会" 本次研讨会是为那些没有统计学或生物信息学背景的生命科学家准备的，旨在提供RNA序列数据分析的基本培训。研讨会分为两个主要部分，分别关注质量控制、比对和计数，以及差异表达分析。 在第一部分中，介绍了使用BRB数字基因表达（BRB-DGE）工具进行RNA-seq数据分析。BRB-DGE工具是专为基因表达分析设计，能够处理以FASTQ格式输入的RNA序列数据文件，并输出原始计数数据，以便进行进一步的统计分析。 FASTQ文件格式是一种用于存储测序数据和其质量信息的标准文本格式。它包括四行：一个以'@'字符开始的标识行、一个或多个碱基序列行、一个以'+'字符开始的行，以及一个与之对应的质控分数行。FASTQ格式广泛用于存储高通量测序仪产生的原始数据。 第二部分的差异表达分析部分假定参与者对编程语言R有一定的了解。R语言在生物信息学和统计分析中非常流行，它提供了一系列强大的工具用于数据分析、图形表示和报告生成。在这一部分，参与者将学习如何使用R语言的包和函数来识别在不同生物样本或处理条件下表达水平显著差异的基因。 研讨会还提供了样本数据文件夹，内含有限大小的FASTQ数据样本，供参与者练习使用。完成练习后，鼓励参与者从公共存储库，如ArrayExpress，下载完整的数据集，以巩固和应用在研讨会中学到的知识。 ArrayExpress是欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）提供的一个公共数据库，用于存储和检索功能基因组学数据，包括RNA测序（RNA-seq）实验。通过访问ArrayExpress网站，用户可以按实验类型过滤搜索结果，并下载包括FASTQ格式在内的原始数据。 参与者在研讨会结束前的目标是掌握如何将基因表达与RNA-seq数据分析相结合，具体来说，是能够执行以下任务： 1. 理解RNA-seq技术的基础和应用。 2. 使用BRB-DGE工具进行质量控制、比对和计数。 3. 运用R语言进行差异表达分析。 4. 从公共数据库中检索和分析RNA-seq数据。 5. 应用所学知识于完整的数据集上，加深对差异表达分析的理解和实践能力。 标签"HTML"可能表明研讨会的某些资料或页面是用HTML编写，以便在网页上展示。然而，这部分信息与核心知识点关联不大，可能仅用于说明研讨会相关资料的呈现方式。 压缩包子文件的文件名称列表提供了会议资料的下载链接，虽然该列表仅包含一个文件名，但可以推断它代表了研讨会的全部资料。通过这些资料，参与者可以回顾学习材料，并在需要时重新访问课程内容。 通过本次研讨会，生命科学领域的研究者可以更好地理解RNA-seq数据分析的方法和工具，从而有效地分析自己的实验数据，并可能对自身的研究领域做出重要的贡献。