Perl编程入门：生物信息学篇

" Beginning Perl for Bioinformatics 是一本针对生物学背景但编程经验有限的读者入门Perl语言的教程。本书第一版出版于2001年，作者James Tisdall旨在帮助生物学家掌握Perl，以便进行生物数据的分析。书中通过解决特定问题或问题类别，使读者在完成阅读后能掌握Perl基础知识，拥有处理如BLAST和GenBank数据解析等任务的程序，并具备更高级的生物信息学编程技能。 全书结构清晰，包含多个章节，内容涵盖了生物学与计算机科学的交叉领域，如DNA和蛋白质的组织结构、计算能力的限制。此外，还介绍了如何开始学习Perl，包括Perl的优势、安装步骤、运行程序的方法、文本编辑器的使用以及获取帮助的途径。编程艺术的探讨包括了个人编程风格、程序设计策略和编程过程。 在后续章节中，读者将学习序列和字符串的处理，如序列数据的表示、DNA序列的存储、DNA片段的连接、转录、逆互补计算，以及蛋白质文件的读取。数组和上下文的概念也会被深入讲解。控制流程、模式匹配和循环（如查找模式、计数核苷酸）等内容也涵盖在内，同时涉及子程序的编写、错误调试以及模块和库的使用。 书中还讨论了随机化和突变，包括随机数生成器和模拟DNA突变的程序。遗传密码的部分则引入了哈希，用于翻译DNA到蛋白质。限制酶和限制图谱的使用，以及正则表达式的应用也有详细介绍。GenBank和Protein Data Bank (PDB) 的数据处理，包括文件格式、解析和索引方法，以及BLAST搜索的原理和应用，都是书中的关键内容。 这本《 Beginning Perl for Bioinformatics》是一本全面介绍Perl在生物信息学中应用的教材，适合希望提升编程能力以处理生物数据的学者和研究者。每一章都配有练习题，有助于巩固所学知识，培养实际解决问题的能力。"