Bioinformatics: Exploring Local Alignment with Blast and Tools

《局部比对-i.mx_virtualization_user's_guide》是一本关于生物信息学和Linux软件使用的实用指南，专注于介绍生物数据处理中的一个重要环节——序列比对，特别是局部比对方法。局部比对在生物信息学研究中扮演着关键角色，它允许研究人员快速找出短片段序列间的相似性，而不必进行全面匹配。 该章节详细介绍了几种常见的局部比对工具： 1. **Blast** (Basic Local Alignment Search Tool)：由Altschul等人于1990年推出，Blast是最早的也是最常用的比对工具之一，主要用于蛋白质和核酸序列的比较。它支持以下几种模式： - blastp：专门用于蛋白质序列与蛋白质数据库的比对，寻找同源性。 - blastn：用于核酸序列对核酸库的比对，关注核酸序列的同源性。 - tblastn：将核酸序列翻译成蛋白质后，再与蛋白质数据库进行比对。 - tblastx：对核酸和蛋白质之间的所有可能配对进行快速且精确的比对。 Blast的工作流程包括构建数据库（subject）和查询（query）的比对过程，首先使用`formatdb`命令建立数据库，然后使用blast命令进行实际的比对。这个工具对于基因组学研究以及基因功能分析至关重要，NCBI提供了免费下载资源，可通过FTP下载适合不同操作系统的版本。 除了Blast，章节还提及了其他局部比对工具，如blat、blastz、GeneWise、Fasta、Exonerate和Sim4，它们各自有其独特的算法和应用场景，例如GeneWise适用于结构基因预测，而Exonerate则在基因结构分析中表现出色。 此外，书中还提到了其他章节内容，涵盖了Unix/Linux操作系统的基础操作、数据的基本处理（如测序数据处理和序列分析）、基因组/基因注释（包括重复序列分析、RNA分析、基因预测和功能注释）、SNP分析以及进化分析的相关工具（如Phylip和PAML）。这本指南提供了全面的生物信息学实践指导，适合对生物数据进行深入分析的专业人士和学生使用。