Bioinformatics: Exploring Local Alignment with Blast and Tools
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更新于2024-08-08
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《局部比对-i.mx_virtualization_user's_guide》是一本关于生物信息学和Linux软件使用的实用指南,专注于介绍生物数据处理中的一个重要环节——序列比对,特别是局部比对方法。局部比对在生物信息学研究中扮演着关键角色,它允许研究人员快速找出短片段序列间的相似性,而不必进行全面匹配。
该章节详细介绍了几种常见的局部比对工具:
1. **Blast** (Basic Local Alignment Search Tool):由Altschul等人于1990年推出,Blast是最早的也是最常用的比对工具之一,主要用于蛋白质和核酸序列的比较。它支持以下几种模式:
- blastp:专门用于蛋白质序列与蛋白质数据库的比对,寻找同源性。
- blastn:用于核酸序列对核酸库的比对,关注核酸序列的同源性。
- tblastn:将核酸序列翻译成蛋白质后,再与蛋白质数据库进行比对。
- tblastx:对核酸和蛋白质之间的所有可能配对进行快速且精确的比对。
Blast的工作流程包括构建数据库(subject)和查询(query)的比对过程,首先使用`formatdb`命令建立数据库,然后使用blast命令进行实际的比对。这个工具对于基因组学研究以及基因功能分析至关重要,NCBI提供了免费下载资源,可通过FTP下载适合不同操作系统的版本。
除了Blast,章节还提及了其他局部比对工具,如blat、blastz、GeneWise、Fasta、Exonerate和Sim4,它们各自有其独特的算法和应用场景,例如GeneWise适用于结构基因预测,而Exonerate则在基因结构分析中表现出色。
此外,书中还提到了其他章节内容,涵盖了Unix/Linux操作系统的基础操作、数据的基本处理(如测序数据处理和序列分析)、基因组/基因注释(包括重复序列分析、RNA分析、基因预测和功能注释)、SNP分析以及进化分析的相关工具(如Phylip和PAML)。这本指南提供了全面的生物信息学实践指导,适合对生物数据进行深入分析的专业人士和学生使用。
2018-07-28 上传
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物联网_赵伟杰
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