VMD教程：用颜色展示蛋白偏离值与脚本应用

在《用颜色来显示偏离值 - TCP/IP详解卷1：协议原书第2版》中，章节2.6详细介绍了如何在VMD（Visual Molecular Dynamics）软件中利用颜色来表示分子位置的偏离值。VMD是一款强大的分子可视化和建模工具，特别适合于生物物理研究。该部分教程首先指导用户通过Tcl源命令`source coloring.tcl`运行预先编写的脚本来比较和展示两个原子的位置变化，通过改变分子的beta值来反映位置的改变。脚本位于`vmd-tutorial-files`目录下的`coloring.tcl`文件中。 用户需要在VMD的Tk Console中使用`cd`命令导航到该目录，然后隐藏模拟中的分子（双击主窗口中的D键），切换到Coloring Method的Beta模式，以便观察变化。接着，用户可以通过Graphical Representations窗口中的Trajectory标签，调整Color Scale Range，设置beta值的颜色范围，例如从0到5埃（埃是长度单位，用于表示原子间的距离）。 该教程以研究小蛋白质泛素为例，展示了VMD的强大功能。泛素是一种76个氨基酸组成的保守蛋白，广泛存在于真核生物中，具有介导蛋白质降解的重要作用。在本教程中，除了基本操作外，还提供了关于泛素生物学功能的补充信息以及使用VMD的一些实用技巧。此外，教程建议非技术用户也尝试阅读脚本部分，尽管它们可能看起来复杂，但提供了图形用户界面无法比拟的高级功能。 完成本教程需要VMD 1.8.3版本，可以从UIUC的网站下载，而查看VMD输出图像可能需要额外的绘图程序，如Unix/Linux平台的xmgrace，Windows的Excel（需购买），或Mac/Multiple Platforms的Mathematica（同样需要购买）。用户可以通过邮件列表tutorial-l@ks.uiuc.edu获取更多帮助和反馈，该邮件列表的链接可在指定网页上找到。整个教程旨在使新老用户都能更深入地理解和利用VMD进行分子模拟和分析。