Gaussian09用户指南：设置与运行详解

"Gaussian09用户参考手册" Gaussian09是一款强大的量子化学计算软件，由Æleen Frisch、Michael J. Frisch、Fernando R. Clemente、Gary W. Trucks等人共同编著，Zork进行翻译。该手册详细介绍了如何设置和运行Gaussian09的各种计算任务，是用户理解和操作Gaussian09的重要参考资料。 在Gaussian09的使用中，用户首先需要了解输入文件的基本结构和语法。输入文件概述部分说明了如何编写有效的输入文件，包括计算的各个部分应遵循的顺序。例如，Gaussian09输入部分的顺序通常包括任务类型定义、模型化学选择、基组选择等。输入语法部分则详细阐述了输入指令的格式和规则。 模型化学是Gaussian09中的核心概念之一，它涉及各种量子力学方法，如HF（Hartree-Fock）、DFT（密度泛函理论）等。用户可以根据具体需求选择适合的模型，如B3LYP、MP2等。基组是模型化学的基础，手册介绍了多种基组类型，包括基本基组、添加极化和弥散函数，以及密度拟合基组。这些基组可以用于描述分子轨道和电子结构。 在分子说明部分，用户可以学习如何指定分子的几何构型，包括原子坐标、同位素、核参数等。此外，可以使用分子片段来简化复杂分子的输入，并通过PDB文件参数导入生物大分子的结构。对于周期性系统，手册还提供了指定周期性条件的方法。 Gaussian09支持多步任务，允许用户在一个输入文件中执行连续的计算步骤，如优化、频率分析等。运行Gaussian09时，用户需要考虑擦写文件的管理，包括其位置、保存和删除。初始化文件用于控制计算的初始状态，而内存管理则涉及到如何有效地利用系统资源。 在实际操作环境中，手册还涵盖了在不同操作系统（如UNIX）上运行Gaussian09的技巧，如脚本编写、批处理执行（通过NQS）以及配置Gaussian09以适应特定硬件环境。对于并行计算，Gaussian09支持共享内存和分布式内存的并行执行，包括在Linda系统上的并行计算。Linda并行方法的配置和监控计算过程也在手册中进行了详述。 最后，手册提到了一些默认设置，如站点名、主机名和用户默认文件，这些都是在设置Gaussian09执行环境时需要考虑的因素。同时，提供了在基于PPC的Mac机上运行Gaussian09的特定指南，以及如何进行测试任务以验证软件的正确安装和运行。 Gaussian09用户参考手册是用户进行精确、高效量子化学计算的重要工具，包含了从基础概念到高级特性的全面指导。