快速可视化GWAS结果的R包fastman

资源摘要信息: "fastman: R包，可直接从PLINK输出文件中使用QQ和Manhattan绘图快速高效地可视化GWAS结果" 知识点: 1. R包：R是一种用于统计计算和图形的编程语言和软件环境。R包是R的一种扩展，它提供了额外的功能，用于数据处理、图形绘制、统计分析等。在本例中，fastman是一个R包。 2. PLINK输出文件：PLINK是一种用于基因组关联研究（GWAS）的工具，它可以处理大规模的基因组数据。PLINK输出文件包含了大量的遗传学数据，这些数据通常用于基因组研究。 3. QQ图和Manhattan图：这两种图都是用于可视化GWAS结果的工具。QQ图是一种散点图，它将观察到的p值与期望的p值进行比较，以检测可能的偏差。Manhattan图是一种特殊的条形图，它以染色体为横轴，以p值为纵轴，用于展示基因组上的SNP与特定表型的相关性。 4. GWAS可视化：GWAS是一种研究特定表型与基因组变异之间关联的方法。可视化是将GWAS结果以图形的形式展示出来，以便更直观地理解数据。 5. 快速绘图：在本例中，fastman包可以大大减少绘图时间。在处理包含1000万个SNP的文件时，绘图时间从737秒减少到60秒。这对于大规模基因组数据的处理具有重要意义。 6. 内存管理：优化的内存管理意味着该包在处理大量数据时，能够有效地使用计算机资源，避免因内存不足而导致的程序崩溃。 7. 多功能：fastman包可以处理各种输入，包括p值，p值的对数和FST分数等。它还可以处理与全基因组群体遗传参数（例如FST，pi和D统计数据）兼容的绘图，允许双面得分，例如带有负值的得分。 8. 非模型友好：对于非模型生物（通常具有数百个重叠群或许多支架）的基因组，该包提供了额外的支持。 9. 注释和突出显示：fastman包具有多种选项，可以自定义感兴趣的注释和突出显示SNP。 10. 熟悉：与qqman相比，fastman具有一组非常相似的输入参数和代码结构，使得用户更容易上手。 11. 使用方法：fastman可以直接从PLINK assoc输出（或具有染色体，位置和p值的任何数据框）直接创建曼哈顿图。 以上是根据给定文件信息生成的知识点。这个R包的出现，对于处理大规模基因组数据和可视化GWAS结果具有重要的意义。