KEGG NETWORK VIEWER：交互式KEGG代谢途径可视化工具

资源摘要信息:"KEGG网络可视化工具——KEGG NETWORK VIEWER，是专门用于可视化KEGG代谢途径并允许用户进行交互操作的在线平台。该工具基于AP检测算法对蛋白质进行分类，使得用户可以轻松地识别出网络中最重要的蛋白质节点。同时，它提供了动态的HTML可视化功能，实现节点移除和边缘添加等操作的模拟。对于有兴趣参与项目发展的个人，有多种途径可以贡献力量，包括提供反馈、参与开发以及捐款支持。该工具的文件包命名为‘kegg-network-viewer-master’。" 知识点详细说明： 1. KEGG简介 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合性的数据库，用于存储生物学信息，特别是有关基因组、化学物质和系统功能的信息。KEGG为研究者提供一个平台，用于分析和整合大量的基因表达数据，其特色是包含了大量的通路数据库，例如KEGG PATHWAY，它包含了细胞各种代谢和信号传导等过程的详细信息。 2. KEGG网络和代谢途径 在KEGG中，“网络”通常指由分子组成的相互作用网络，包括蛋白质-蛋白质相互作用、基因表达调控网络等。代谢途径则是指生物体内一系列生化反应的路径，涉及到生物分子如代谢物、蛋白质、酶等在细胞中的转换。KEGG提供了这些路径的详细图谱，帮助研究者理解生物过程的分子机制。 3. AP检测算法 AP（Betweenness Centrality Algorithm）检测算法是一种网络分析方法，用于衡量网络中节点（或边）的重要性。该算法计算网络中所有最短路径通过某一节点（或边）的次数，即节点在连接网络不同部分中所起的中介作用。在KEGG网络中应用此算法，可以帮助用户识别出最重要的蛋白质节点，从而理解网络中关键的调控点和信号传递途径。 4. 动态HTML可视化 动态HTML可视化是指使用HTML技术结合JavaScript等脚本语言，对网页内容进行动态交互式的展示。在KEGG NETWORK VIEWER中，这种技术被用来创建动态可视化效果，用户可以直观地与KEGG路径进行互动，比如模拟节点的去除和边缘的添加等操作。 5. 贡献方式 KEGG NETWORK VIEWER作为一个开源项目，鼓励社区参与其发展。以下是贡献的主要方式： - 提供反馈：用户可以通过报告发现的问题、提出改进建议或分享使用体验，帮助项目团队识别问题和优化工具。 - 参与开发：具备编程技能的用户可以直接参与到代码开发中，通过GitHub平台提交代码补丁或者参与代码审查等。 - 捐款：尽管KEGG NETWORK VIEWER本身是免费使用的，但是项目的持续维护和功能更新需要资金支持。捐款是对项目开发人员工作的一种支持方式，有助于项目的长期发展。 6. 标签和文件名称 本工具的标签仅提供了一个词汇"HTML"，这可能表明该工具的开发和用户界面设计涉及到了HTML语言。文件名称"kegg-network-viewer-master"暗示这是一个主版本或者仓库的名称，用户可以在如GitHub这样的代码托管平台上找到该工具的源代码和相关文档。"master"一词通常指向项目的主要分支，是进行开发和合并的基础。