掌握材料建模软件安装:VASP、LAMMPS、QuantumEspresso

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资源摘要信息:"本资源提供了使用MPI安装OpenMPI、VASP、LAMMPS、Quantum Espresso和Siesta等材料建模程序的详细指南。这些程序主要用于密度泛函理论(DFT)和分子动力学(MD)的计算模拟。资源中包括了DFT的matlab源代码,详细描述了各种材料建模程序的安装步骤。此外,资源中还包含了Ubuntu 16.04 LTS系统环境下,使用英特尔Parallel Studio XE 2017.0.035(学生版)编译器的相关说明。资源涵盖了多种软件包的安装和配置,如VASP(带有Wannier和VTST)、Tbtrans的午睡、量子咖啡、高卢姆2号、阿比尼特、声乐、phono3py、ShengBTE、分子动力学拉姆斯、后处理和可视化工具Pymatgen、XCrysden、Anaconda等。" 知识点详细说明: 1. MPI安装 - MPI(Message Passing Interface)是一种消息传递库,用于并行计算环境。它定义了程序如何在多台计算机或计算机的多个处理器之间交换信息。 - OpenMPI是MPI的一个实现,适用于高性能计算(HPC)。 - 安装OpenMPI通常需要从源代码编译或使用特定操作系统的包管理器进行安装。 2. VASP安装 - VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一款用于原子级别材料计算的软件,特别擅长于密度泛函理论(DFT)的模拟。 - 安装VASP需要编译源代码,并可能需要使用特定版本的Fortran和C编译器。 - VASP的安装通常包括配置Intel编译器,设置编译选项,并确保所有必要的库文件都已正确安装。 3. LAMMPS安装 - LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一个用于分子动力学模拟的软件包。 - 安装LAMMPS涉及到设置编译环境,下载源代码并配置适当的选项,以支持所需的功能和计算精度。 4. Quantum Espresso安装 - Quantum Espresso是一款开源的材料和分子模拟软件,基于DFT和相关电子结构计算。 - 安装Quantum Espresso需要配置好相关的依赖库,并且可能需要编译Fortran和C代码。 5. Siesta安装 - Siesta是一个基于DFT的第一性原理计算软件,专门设计用于模拟分子和固体的电子性质。 - 安装Siesta通常需要设置编译环境,并确保所有必要的库(如BLAS、LAPACK)都已安装。 6. Ubuntu系统环境 - Ubuntu 16.04 LTS是一个广泛使用的Linux发行版,长期支持版本。 - 在此资源中,Ubuntu系统被用作安装和配置各种科学计算软件的基础操作系统。 7. Intel Parallel Studio XE - Intel Parallel Studio XE是一个编译器和性能库集合,专门用于加速高性能计算应用程序。 - 本资源中使用了学生版的2017.0.035版本进行VASP等软件的编译和优化。 8. 配置与优化 - 安装上述软件后,还需要进行配置和优化,以确保软件能够充分利用硬件资源。 - 这通常包括调整编译器优化标志、设置环境变量以及配置软件的计算参数。 9. 后处理和可视化工具 - Pymatgen、XCrysden、Anaconda等工具用于处理计算结果和可视化。 - Pymatgen是一个Python库,用于分析和处理材料的结构和计算数据。 - XCrysden是一个用于晶体结构和电子密度的可视化软件。 - Anaconda是一个Python发行版,通常用于数据分析和科学计算,也可以用于安装和管理科学计算相关的Python包。 以上知识点展示了如何在基于Ubuntu系统的个人计算机或服务器上安装和配置一系列材料科学计算所需的软件包。资源中的步骤旨在帮助研究者和工程师在自己的系统上搭建一个适合进行材料建模和分析的环境。