分析MTBLS1108数据集的DIAMetAlyzer附加代码

JupyterNotebook
需积分: 9 0 下载量 143 浏览量 更新于2024-11-23 收藏 48.49MB ZIP 举报
资源摘要信息:"DIAMetAlyzer_additional_code是一个专为使用DIAMetAlyzer分析管道重新处理MTBLS1108数据集而设计的代码库。DIAMetAlyzer是一个用于微生物组数据的分析工具，它能够处理复杂的元组数据，即那些包含生物标志物（如微生物）的多组学数据。MTBLS1108很可能指的是一个特定的微生物组数据集，它被用来存储和共享微生物群落分析研究的多组学数据。DIAMetAlyzer_additional_code通过提供额外的代码段和脚本，使得研究人员能够对这类数据进行更深入的分析。 此代码库的主要目的是为了扩展DIAMetAlyzer的功能，使其能够适用于MTBLS1108数据集，进而支持更复杂的分析需求。这些代码段可能包括但不限于数据预处理、统计分析、生物信息学处理、结果可视化等步骤。通过Jupyter Notebook这一交互式的计算环境，用户能够运行Python脚本，便于数据处理和结果展示。Jupyter Notebook通常用于数据分析、机器学习和科学计算，它能够让用户将文本描述、数学方程式、可视化图形和可执行代码结合到一个易于共享的文档中。 在这个特定的资源中，用户可能会发现以下知识点或工具的使用方法： 1. **DIAMetAlyzer管道的使用和理解**：了解如何使用DIAMetAlyzer工具进行多组学数据的分析，以及如何解读其输出结果。 2. **多组学数据处理**：掌握对微生物组数据集（如MTBLS1108）中包含的组学信息进行处理的方法，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据。 3. **Jupyter Notebook应用**：学习如何利用Jupyter Notebook来整合数据分析代码、文本说明和图表展示，实现数据处理的可重现性。 4. **数据可视化技巧**：探索如何通过代码生成图表和图形，以直观展示微生物组分析的结果，例如通过箱线图、热图、散点图等图表形式。 5. **统计分析方法**：应用统计学方法来评估数据集中的生物标志物，以及它们在不同实验条件或临床背景下的变化。 6. **Python编程技能**：提升编写Python脚本的能力，以自动化复杂的数据处理流程，并定制分析方法以满足特定的研究需求。 7. **元组数据分析**：深入理解元组数据的概念和处理方法，以及它们在微生物组分析中的应用。 8. **实验设计与结果解释**：理解实验设计的重要性，以及如何根据数据分析的结果做出合理的生物学解释。 通过研究这个代码库，研究人员可以加深对微生物组学数据分析的理解，并提升处理和分析此类数据集的能力。这将有助于他们更好地理解微生物群落的功能以及它们与健康和疾病之间的联系。"

Micro_Focus_LoadRunner_2022_Community_Edition_Additional_Compone

2022-07-21 上传
Micro_Focus_LoadRunner_2022_Community_Edition_Additional_Components

mysql 5.5 配置文档

2013-05-24 上传
20. `innodb_additional_mem_pool_size`: 用于内部数据结构的额外内存池大小。 21. `innodb_file_per_table`: 如果设为 1，每个 InnoDB 表都有独立的数据文件，便于管理和备份。 22. `innodb_flush_log_at_trx_...

redmine_additional_project_settings:一个 redmine 插件

2021-06-30 上传
Espeo 附加项目设置Espeo Software 的 redmine 插件。 将几个额外的设置列添加到您的项目设置中，您可以在projects#edit视图中对其进行projects#edit 。 附加设置是： 项目的开始日期项目的结束日期项目的状态 [计划...

houdini_additional_python_docs:Houdini Python模块的其他文档

2021-05-11 上传
也许是一些有用的代码片段，但不是其文档。 事实证明，Houdini附带了一些方便的模块，但是对于许多用户来说它们可能有点隐藏。 因此，我决定做一个小项目，并从那些模块的文档字符串中自动生成文档。 我为此使用了...

请解释下这段Android.mk# ==== the metalava api stubs and current.xml =========================== include $(CLEAR_VARS) LOCAL_SRC_FILES:=$(framework_docs_LOCAL_API_CHECK_SRC_FILES) LOCAL_GENERATED_SOURCES:=$(framework_docs_LOCAL_GENERATED_SOURCES) LOCAL_SRCJARS:=$(framework_docs_LOCAL_SRCJARS) LOCAL_JAVA_LIBRARIES:=$(framework_docs_LOCAL_API_CHECK_JAVA_LIBRARIES) LOCAL_MODULE_CLASS:=$(framework_docs_LOCAL_MODULE_CLASS) LOCAL_DROIDDOC_SOURCE_PATH:=$(framework_docs_LOCAL_DROIDDOC_SOURCE_PATH) LOCAL_ADDITIONAL_JAVA_DIR:=$(framework_docs_LOCAL_API_CHECK_ADDITIONAL_JAVA_DIR) LOCAL_ADDITIONAL_DEPENDENCIES:=$(framework_docs_LOCAL_ADDITIONAL_DEPENDENCIES) LOCAL_MODULE := metalava-api-stubs LOCAL_DROIDDOC_USE_METALAVA := true LOCAL_DROIDDOC_METALAVA_PREVIOUS_API := prebuilts/sdk/api/27.txt LOCAL_DROIDDOC_METALAVA_ANNOTATIONS_ENABLED := true LOCAL_DROIDDOC_METALAVA_MERGE_ANNOTATIONS_DIR := tools/metalava/manual LOCAL_DROIDDOC_STUB_OUT_DIR := $(TARGET_OUT_COMMON_INTERMEDIATES)/JAVA_LIBRARIES/metalava_android_stubs_current_intermediates/src INTERNAL_PLATFORM_METALAVA_PUBLIC_API_FILE := $(TARGET_OUT_COMMON_INTERMEDIATES)/PACKAGING/metalava_public_api.txt INTERNAL_PLATFORM_METALAVA_PUBLIC_REMOVED_API_FILE := $(TARGET_OUT_COMMON_INTERMEDIATES)/PACKAGING/metalava_removed.txt LOCAL_DROIDDOC_OPTIONS:=\ $(framework_metalava_docs_LOCAL_DROIDDOC_OPTIONS) \ --api $(INTERNAL_PLATFORM_METALAVA_PUBLIC_API_FILE) \ --removed-api $(INTERNAL_PLATFORM_METALAVA_PUBLIC_REMOVED_API_FILE) \ -nodocs LOCAL_UNINSTALLABLE_MODULE := true include $(BUILD_DROIDDOC)

2023-06-13 上传
这段 Android.mk 文件是用于构建 Android 操作系统中的 Metalava API Stubs 和当前 API 的文档。下面是对各个变量和选项的解释： - `CLEAR_VARS`：清空所有变量，以便重新定义新的变量。 - `LOCAL_SRC_FILES`：指定...

% 载入数据 res = xlsread('Copy_of_数据集.xlsx'); input = res((1:120), 2:6)'; % 载入输入数据 output = res((1:120), 7:9)'; % 载入输出数据 % 划分训练集和测试集 input_train = input(:, 1:80); output_train = output(:, 1:80); input_test = input(:, 81:100); output_test = output(:, 81:100); % 归一化 [input_train_n, input_ps] = mapminmax(input_train, -1, 1); [output_train_n, output_ps] = mapminmax(output_train, -1, 1); % 建立模型 input_num = size(input_train_n, 1); % 输入层节点数量 hidden_num = 10; % 隐含层节点数量 output_num = size(output_train_n, 1); % 输出层节点数量 net = newff(input_train_n, output_train_n, hidden_num, {'tansig','purelin'}, 'trainlm'); net.trainParam.epochs = 15000; net.trainParam.lr = 0.01; net.trainParam.goal = 0.0001; % 训练模型 [net, tr] = train(net, input_train_n, output_train_n); % 测试模型 input_test_n = mapminmax('apply', input_test, input_ps); output_test_n = mapminmax('apply', output_test, output_ps); output_pred_n = sim(net, input_test_n); %%反归一化 output_test_pred = mapminmax('reverse', output_pred_n, output_ps); output_test_pred = round(output_test_pred); % 四舍五入取整 % 使用测试集评估网络性能 pos_pred = net_pos(test_set(:, 1:input_size)'); % 预测位置 ori_pred = net_ori(test_set(:, 1:input_size)'); % 预测姿态 pos_error = pos_pred - test_set(:, input_size+1:input_size+output_size); % 位置误差 ori_error = ori_pred - test_set(:, input_size+output_size+1:end); % 姿态误差 mse_pos = mean(pos_error.^2); % 位置均方误差 mse_ori = mean(ori_error.^2); % 姿态均方误差 % 使用附加测试集评估网络性能 additional_test_data = [theta([6, 12, 18], :), actual_poses([6, 12, 18], :)]; pos_pred = net_pos(additional_test_data(:, 1:input_size)'); % 预测位置 ori_pred = net_ori(additional_test_data(:, 1:input_size)'); % 预测姿态 pos_error = pos_pred - additional_test_data(:, input_size+1:input_size+output_size); % 位置误差 ori_error = ori_pred - additional_test_data(:, input_size+output_size+1:end); % 姿态误差 mse_pos_additional = mean(pos_error.^2); % 位置均方误差 mse_ori_additional = mean(ori_error.^2); % 姿态均方误差 %%绘制预测结果和真实结果的对比图 figure; plot(output_test(1,:), 'bo-'); hold on; plot(output_test_pred(1,:), 'r*-'); legend('真实结果', '预测结果'); xlabel('样本编号'); ylabel('输出值'); title('预测结果和真实结果'); 帮我修改一下这段代码

2023-06-06 上传
以下是修改后的代码，主要是添加了一些注释和修改了一些变量名，使其更加易读易懂： ```matlab % 载入数据 data = xlsread('Copy_of_数据集.xlsx'); input = data((1:120), 2:6)'; % 载入输入数据 output = data((1...

<el-dialog ref="hussar_40Ref" @opened="hussar_40OpenedDialog" :visible.sync="hussar_40Show" :show-close="hussar_40ShowClose" :modal="hussar_40IsModal" :modal-append-to-body=true :append-to-body=true :close-on-click-modal="hussar_40IsClickClose" top="0" :class="{'BbcxSjccb_hussar_40': true, 'lcdp_axe':true, 'jxd_additional': true, 'BbcxSjccb': true}" class="hussar_40 jxd_ins_elDialog default">

2023-07-20 上传
这段代码是一个el-dialog组件的定义。这个组件具有以下属性和事件： - ref: "hussar_40Ref"，用来在组件中引用el-dialog实例。 - @opened: "hussar_40OpenedDialog"，当el-dialog被打开时触发的事件。 - :visible....

matlab代码影响-spl_aggregation_sampling_dsgs:spl_aggregation_sampling_dsgs

2021-05-22 上传
matlab代码影响spl_aggregation_sampling_dsgs 此存储库包含与字母“ Samuel Rey，Fernando J. Iglesias，Cristobal Cabrera和Antonio G. Marques编写的，字母“从连续局部聚合的扩散稀疏图信号的采样和重构”有关的...

user_sql::locked:应用程序用于使用SQL对Nextcloud用户进行身份验证

2021-05-03 上传
user_sql Nextcloud SQL用户身份验证。 ... 从菜单导航到Admin并切换到Additional Settings，向下滚动页面，您将看到SQL Backends设置。 您可以跳过前三个步骤，因为此应用程序可在正式的。 配置

Gesior2012_Additional_Scripts:对Gesior2012用户和所有OTS网站程序员有用的脚本

2021-05-17 上传
3. 动态内容生成：可能包括模板引擎、动态页面生成器，以及与数据库交互的脚本，用于创建动态和响应式的网站内容。 4. 安全性增强：PHP脚本可能包含了安全相关的功能，如防止SQL注入、XSS攻击和其他常见的网络安全...
好摩
  • 粉丝: 31
  • 资源: 4634
上传资源 快速赚钱

最新资源