生物学家的科研计算入门：UNIX与版本控制

"《Introduction to Scientific Computing for Biologists》是一份由University of Chicago大学的Stefano Allesina教授编写的生物统计学科研编程入门讲义，旨在为生物学家提供科学计算的最佳实践和科研工具的使用指导。这份178页的资料包含了详细的目录，便于查阅和学习。课程内容涵盖了从基础到进阶的多个方面，包括UNIX操作系统、版本控制工具git的使用等关键技能。" 正文: 这份讲义首先介绍了课程的基本信息，强调了学习科学计算的重要性，特别是对于生物学家来说。在"Before we begin"部分，Allesina教授提醒学生需要准备什么，建议他们做什么，比如选择合适的文本编辑器，并鼓励他们进行实践操作。此外，他还讨论了如何高效地输入代码，以及作业、评分和最终项目的要求。 接着，课程深入到UNIX系统的学习，解释了为何选择UNIX作为科研工作平台，其核心在于它的命令行界面和强大的文件管理能力。这一部分详细介绍了目录结构、shell的使用，以及一系列基本的UNIX命令，如cd、ls、mv等。还讲解了命令参数、重定向与管道、通配符、grep命令用于筛选行、find命令查找文件、xargs用于构建复杂的流程，以及编写简洁的一行命令。 关于软件安装，讲义提到了如何在UNIX环境中安装新的程序，这对于科研人员来说是必不可少的技能。 随后，课程转向了版本控制的主题，这是现代科研协作的重要工具。Allesina教授详细阐述了版本控制的概念，特别聚焦于git，解释了它的安装过程、三个主要状态（未跟踪、已跟踪、已修改）以及首次设置。此外，他还详细讲解了创建仓库、忽略文件、删除文件、查看历史记录、回滚到先前版本、分支管理和远程仓库的使用，这些都是git的基础操作。 这份资料不仅是生物统计学的起点，也对任何想提高科研计算效率的学者具有广泛的适用性。通过学习和实践，生物学家可以更有效地处理数据，进行统计分析，并与其他研究人员协同工作。课程内容翔实，结构清晰，适合自学或课堂教学。对于希望提升科研技能的生物学家来说，这是一份宝贵的资源。