R语言circlize绘制：样本-OTU丰度关联多圈弦状图详解

在本文档中，作者分享了如何使用R语言的circlize包绘制样本-OTU丰度关联的弦状图，这是一种可视化生物信息学数据的常用工具。主要步骤和关键信息如下： 1. 数据结构：文档涉及三个核心表格： - `taxonomy.txt`：物种分类信息文件，包含了OTU的ID、门水平分类和详细分类信息，用于设置OTU在图表中的层次结构和排列顺序。 - `group.txt`：样本分组信息文件，记录了样本ID及其所属的分组，用于区分不同样本类别。 - `otu_table.txt`：物种丰度表格，提供了每个OTU在六个样本中的实际丰度数据，这是绘制图的核心数据。 2. 图形构成： - **第一圈**：表示OTU的门水平分类，将OTU按门进行水平分类，并显示各个样本的分组，帮助快速理解OTU分布和样本之间的关系。 - **第二圈**：显示各OTU的相对丰度百分比，通过颜色和比例来反映OTU在样本中的重要性。 - **第三圈**：主区块部分，采用不同的颜色和标签标识OTU及样本，外周刻度表示OTU的绝对丰度，便于直观查看丰度大小。 - **第四圈**：副区块与主区块对应，提供更详细的信息，包括每个OTU在每个样本的具体丰度以及样本内OTU的总体丰度。 - **第五圈**：OTU和样本之间的关联线，进一步强调两者之间的关联性。 3. 绘图工具与技术： - 使用circlize包进行R编程，实现了复杂而美观的可视化效果。这份教程不仅包括代码示例，还提供了两种编码格式的R脚本供读者选择。 - 工具下载链接：文件已上传至百度盘，无需提取码，但需注意可能存在的更新或失效问题。 4. 图例设计： - 右侧图例是额外添加的，提供了OTU的详细分类信息，使得读者能够清楚地理解OTU的类别和特征。 总结来说，这份文档是一份实用的教程，旨在指导用户如何通过R语言和circlize包创建样本-OTU丰度关系的图形，同时提供了所需的表格结构和详细步骤，适用于生物信息学研究中对数据可视化的需要。